Quelltext der Seite In-situ-Hybridisierung

[[Datei:FISHtechniqueInt.JPG|mini|hochkant=1.3|Schema einer In-situ-Hybridisierung zum DNA-Nachweis. Eine DNA-Sonde (A) wird mit molekularbiologischen oder chemischen Methoden behandelt und ist anschließend markiert (B). Sonden-DNA und Ziel-DNA werden zu Einzelsträngen aufgeschmolzen (nicht gezeigt), anschließend können sich passende Sequenzen aneinanderlagern (C). Dadurch entsteht an der entsprechenden Stelle des Präparats eine mikroskopisch nachweisbare Markierung.]]

<!--Abbildung fehlerhaft, siehe Diskussion, daher auskommentiert.
[[Bild:FISH (Fluorescent In Situ Hybridization).jpg|mini|Detaillierter Prozess der FISH-Experimente: Nick Translation (um eine markierte Sonde zu erhalten), Hybridisierung der Sonde mit der denaturierten DNA in die fixierten Zellkernen, Färbung der Sonde mit Antikörper (oder Avidin) und Kernpositionierung des Genes mit dem Epifluoreszenzmikroskop]]
-->
'''In-situ-Hybridisierung''' ('''ISH''', auch ''Hybridisierung in situ'') ist eine [[Molekularbiologie|molekularbiologische]] Methode zum Nachweis von [[Nukleinsäure]]n ([[Ribonukleinsäure|RNA]] oder [[Desoxyribonukleinsäure|DNA]]) in [[Gewebe (Biologie)|Geweben]], einzelnen [[Zelle (Biologie)|Zellen]] oder auf [[Metaphase]]-[[Chromosomen]]. Dabei wird eine künstlich hergestellte [[Gensonde|Sonde]] aus einer Nukleinsäure eingesetzt, die über [[Basenpaarung]]en an die nachzuweisende Nukleinsäure bindet ([[Hybridisierung (Molekularbiologie)|Hybridisierung]]).

Weite Verbreitung haben die ''Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung'' (FISH) für den Nachweis von DNA oder RNA (RNA-FISH) in Zellkernen, bzw. dem [[Cytoplasma]] einzelner Zellen oder auf Metaphase-Chromosomen sowie die Untersuchung der Verteilung von [[mRNA]] in ganzen Embryonen, Schnitten oder Geweben mit farbgebenden (chromogenen) Molekülen.

Weitere verwendete Bezeichnungen sind ''genomische In-situ-Hybridisierung'' (GISH), bei der als Sonde gesamt[[genom]]ische DNA eingesetzt wird, sowie ''chromosomale In-situ-Suppressionshybridisierung'' (CISS-Hybridisierung), mit der die Markierung von ganzen [[Chromosom]]en möglich ist.

== Geschichte ==
In-situ-Hybridisierung wurde Ende der 1960er Jahre von den US-amerikanischen Biologen [[Mary-Lou Pardue]] und [[Joseph G. Gall]] entwickelt.<ref>Joseph G. Gall,  Mary Lou Pardue: ''Formation and detection of RNA-DNA hybrid molecules in cytological preparations.'' In: ''[[Proc. Natl. Acad. Sci. USA]]'' 63, Nr. 2, 1969, S. 378–383, PMID 4895535, {{PMC|223575}}.</ref><ref>Mary Lou Pardue, Joseph G. Gall: ''Molecular hybridization of radioactive DNA to the DNA of cytological preparations.'' In: ''Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.'' 64, Nr. 2, 1969, S. 600–604, PMID 5261036, {{PMC|223386}}.</ref>
Sie verwendeten [[Radioaktivität|radioaktiv]] markierte Sonden ([[Isotopenmarkierung]]), die Präparate mussten anschließend auf einen Röntgenfilm gelegt werden und wurden zur besseren Auflösung mittels Mikroskop mit einer [[Fotoemulsion]] versehen. Neben den allgemeinen mit Radioaktivität verbundenen Problemen war die räumliche Auflösung dabei verglichen mit heutigen Techniken schlecht. Daher setzten sich später Sonden durch, die kovalent an die Markierungsmoleküle gebunden waren (siehe unten).

== Funktionsweise ==
Die In-situ-Hybridisierung beruht auf der Paarung von komplementären Basen auf zwei Nukleinsäure-Einzelsträngen. Einer der beiden Stränge kommt dabei von einer zuvor hergestellten und markierten [[Gensonde|Sonde]], der andere liegt im Präparat vor und soll nachgewiesen werden. Die ersten Arbeitsschritte sind demnach Vorbereitung des Präparats sowie Vorbereitung der Sonde. Die Sonde besteht häufig aus DNA, da diese stabiler ist als RNA und somit im Labor einfacher zu handhaben ist. Auch lässt sich DNA mit heutigen Verfahren einfacher vermehren. Bei der RNA In-situ-Hybridisierung hat sich die Verwendung von Riboproben durchgesetzt, da sich sense- und antisense-Proben mit hoher Spezifität mittels In-Vitro-Transkription herstellen lassen. Ein Vorteil ist auch, dass sich nicht hybridisierte RNA mittels [[Ribonukleasen|RNase]] abbauen lässt. Die Markierung der Sonde kann indirekt mit [[Hapten]]en (z.&nbsp;B. [[Digoxigenin]], [[Biotin]] oder [[2,4-Dinitrophenol]]) oder bei der FISH auch direkt mit fluoreszierenden Molekülen wie [[FITC]] oder Cy3 erfolgen. Häufig eingesetzte Verfahren zur Markierung der Sonden sind [[Nick translation|Nick-Translation]], [[Polymerase-Kettenreaktion|PCR]] und [[In-vitro-Transkription]].

Da DNA normalerweise als Doppelstrang vorliegt, muss dieser zuvor getrennt (auch: aufgeschmolzen oder denaturiert) werden. Eine Denaturierung kann entweder durch Verschiebung des pH-Werts (sowohl sauer als auch alkalisch) oder durch Hitze erfolgen. Bei einer Hitzedenaturierung wird der Schmelzpunkt meist durch Zugabe von [[Formamid]] abgesenkt, welches durch seine starke Polarität die Wasserstoffbrückenbindungen zwischen den DNA-Einzelsträngen abschwächt. Dadurch kann ein Aufschmelzen bereits bei Temperaturen um 70–75 °C erreicht werden, wodurch die Struktur der Chromosomen weniger stark zerstört wird. Weiterhin kann die DNA auch durch ein ''[[Molecular Combing]]'' gestreckt und ausgerichtet werden.

Die eigentliche Hybridisierung dauert, je nach Sondenmaterial und Zielsequenz, zwischen einer Stunde und mehreren Tagen. Anschließend liegen im Präparat Hybridmoleküle aus den Nukleinsäuren des Präparats und der Sonde vor. Nicht oder unspezifisch gebundene Sondenmoleküle werden herausgewaschen und gebundene Sondenmoleküle können nachgewiesen werden. Bei der indirekten Markierung geschieht dies über eine [[Antikörperfärbung]] oder im Fall von Biotin mit [[Avidin]]. Die Antikörper (oder das Avidin) sind wiederum an [[Fluorophor]]e (bei der FISH) oder an Enzyme gebunden, welche aus zuzugebenden chromogenen Substraten Farbstoffe bilden. Beides wird anschließend mikroskopisch ausgewertet.

{| class="float-right"
|- style="vertical-align:top"
|[[Datei:Hunchback in situ.jpg|mini|Beispiel für eine RNA-in-situ-Hybridisierung an verschiedenen Stadien von ''Drosophila melanogaster''-Embryonen. Die [[Digoxigenin]]-markierte antisense-RNA-Sonde ist gegen die mRNA des [[Transkriptionsfaktor]]s ''hunchback'' gerichtet. Sie wurde mit einer Färbereaktion mit [[Alkalische Phosphatase|Alkalischer Phosphatase]] sichtbar gemacht. Es ist deutlich erkennbar, dass sich das [[Genexpression|Expressionsmuster]] des Gens in den verschiedenen [[Entwicklungsstadium|Entwicklungsstadien]] (St. steht abgekürzt für Stadium) verändert.]]
|[[Datei:Cnr1 Expressionsmuster.jpg|mini|Die Aktivität eines Gens in einem Mausembryo des Embryonalstadiums E14,5 (nach 14,5 von insgesamt 19,5 Tagen der Schwangerschaft). Durch In-situ-Hybridisierung wurde in einem 25 Mikrometer dünnen [[Mikrotom#Gefriermikrotom|Gefrierschnitt]] das Vorhandensein der mRNA und somit die Aktivität des Gens [[Cannabinoide|Cannabinoid]]-Rezeptor Typ 1 (Cnr1) sichtbar gemacht, die als dunkelblaue Färbung u. a. in verschiedenen Gehirnbereichen und im Rückenmark zu erkennen ist.]]
|}

== Nachweis von mRNA mit farbgebenden Enzymen ==
Bei dieser Anwendung findet vor allem [[Digoxigenin]]-markierte RNA Verwendung. Das Digoxigenin kann mit Hilfe eines Antikörpers, der beispielsweise mit einem [[Enzym]] gekoppelt ist, erkannt werden. Das Enzym, meistens [[Alkalische Phosphatasen|Alkalische Phosphatase]] oder [[Peroxidase]], kann dann durch Zusatz von Reagenzien einen Farbstoff umsetzen, der [[kovalent]] im Gewebe gebunden bleibt und sich daher nicht durch [[Diffusion]] verteilt.
Beim Nachweis von [[mRNA]] in Geweben werden nur jene [[Zelle (Biologie)|Zellen]] angefärbt ([[Hybridisierung (Molekularbiologie)|hybridisiert]]), in denen ein zu untersuchendes [[Gen]] aktiv ist: Nur hier liegt die entsprechende mRNA vor. Dieses Verfahren findet besonders in der [[Entwicklungsbiologie]] Anwendung. Hier ist es von besonderem Interesse, die Aktivität eines Gens beispielsweise während der [[Embryogenese]] [[in situ]] zu verfolgen. Das [[embryo]]nale oder auch adulte Gewebe muss für die Färbung zunächst fixiert werden; die Aktivität kann daher nicht in [[Echtzeit]] verfolgt werden, sondern ist nur eine Momentaufnahme des Zustands, in dem sich das Gewebe befand, als es fixiert wurde.

=== Ablauf ===
Das zu färbende Gewebe – beispielsweise [[Embryo]]nen von verschiedenen [[Modellorganismus|Modellorganismen]] wie ''[[Arabidopsis thaliana]]'', ''[[Drosophila melanogaster]]'', ''[[Krallenfrosch|Xenopus laevis]]'', ''[[Hausmaus|Mus musculus]]'', ''[[Zebrabärbling|Danio rerio]]'' – wird mit Hilfe von [[formaldehyd]]haltigen Lösungen [[Fixierung (Präparationsmethode)|fixiert]]. Anschließend wird es in einen [[formamid]]haltigen Puffer überführt und die markierte Sonde dazugegeben. Die Hybridisierungszeit hängt von der Größe des Embryos ab und dauert mindestens einige Stunden. In dieser Zeit kann die Sonde durch das Gewebe diffundieren und bindet überall dort, wo sich komplementäre Sequenzen in der mRNA finden. Es folgen einige Waschschritte, in denen überschüssige, nicht gebundene Sonden ausgewaschen werden, und am Schluss die Färbung, die dann mit einem [[Mikroskop]] genau analysiert und dokumentiert werden kann.

Neben Totalpräparaten, beispielsweise von Fliegenembryonen (linke Abbildung), kann die In-situ-Hybridisierung an Gewebe-Dünnschnitten durchgeführt werden. Auf diese Weise können auch größere Präparate wie menschliches Gewebe oder komplette Mausembryonen untersucht werden (rechte Abbildung).

{{Anker|FISH}}

== Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung ==
Bei der '''Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung''' (FISH) wird die Sonde mit Hilfe eines [[Fluoreszenz|fluoreszierenden]] Farbstoffes nachgewiesen. Dies ermöglicht den gleichzeitigen Nachweis mehrerer Strukturen durch den Einsatz verschiedener Fluoreszenzfarbstoffe, zum Beispiel den Nachweis eines Chromosoms mit zwei darauf liegenden Genen. Auf Chromosomenpräparaten und auf Zellkernen konnten bereits bis zu sieben verschiedene Farbstoffe erfolgreich eingesetzt werden.<ref>Andreas Bolzer, Gregor Kreth, Irina Solovei, Daniela Koehler, Kaan Saracoglu, Christine Fauth, Stefan Müller, Roland Eils, [[Christoph Cremer]], Michael R. Speicher, Thomas Cremer: ''Three-dimensional maps of all chromosome positions demonstrate a probabilistic order in human male fibroblast nuclei and prometaphase rosettes.'' In: ''[[PLoS Biology]].'' 3, Nr. 5, 2005, S. e157, PMID 15839726, [[doi:10.1371/journal.pbio.0030157]].</ref>
<!--
To do Liste:
 Nachweisgrenze

=== Sondenarten ===
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<gallery class="center centered" widths="220" heights="180" perrow="3">
 Bcrablmet.jpg|Metaphasechromosomen (blau) mit Nachweis einer [[Translokation (Genetik)|Translokation]] durch den Einsatz zweier genspezifischer Sonden (grün und rot), siehe [[Philadelphia-Chromosom]]
 MouseChromosomeTerritoriesBMC Cell Biol6-44Fig2e.jpg|[[Zellkern]] eines [[Fibroblast]]en der Maus. Durch Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung wurden die [[Chromosomenterritorium|Territorien]] der Chromosomen 2 (rot) und 9 (grün) angefärbt. DNA-Gegenfärbung in Blau. ([[:Datei:MouseChromosomeTerritoriesBMC Cell Biol6-44Fig2.jpg|Hier]] ist eine Tafel mit weiteren Beispielen auch aus anderen Zelltypen der Maus zu finden.)
 PLoSBiol3.5.Fig7ChromosomesAluFish.jpg|Genreiche und genarme Regionen bei menschlichen Chromosomen. Auf Metaphasechromosomen eines menschlichen weiblichen [[Lymphozyt]]en wurden per Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung die [[Alu-Sequenz]]en markiert (grün), die besonders in genreichen Chromosomenabschnitten häufig vorkommen. Zur Sichtbarkeit genarmer Regionen ist die DNA rot eingefärbt.
</gallery>

=== Anwendungsgebiete ===
Die Möglichkeit, das Vorhandensein bzw. die Anzahl von Teilen des Genoms vergleichsweise einfach im Fluoreszenzmikroskop zu bestimmen, wird für die klinische Diagnostik in verschiedenen Disziplinen benutzt.

Für den ''Nachweis von Erbkrankheiten'' werden in der Regel Präparate von Chromosomen in der Metaphase eingesetzt, die aus im Labor vermehrten Zellen von Patienten oder, bei der [[Pränataldiagnostik]], aus Zellen des ungeborenen Kindes hergestellt wurden (siehe auch [[FISH-Test]]). Auf diese werden dann beispielsweise Sonden für das Chromosom 21 hybridisiert, um zu testen, ob es drei- statt zweimal vorhanden ist und somit die Ursache für das [[Down-Syndrom]] vorliegt. Ob bestimmte chromosomale Regionen fehlen, wie etwa beim [[Katzenschrei-Syndrom]], lässt sich mit Sonden für solche Regionen ebenfalls feststellen.
Prinzipiell lassen sich solche Untersuchungen auch an Zellkernen durchführen, also ohne dass Metaphasepräparate hergestellt werden müssen. Dies hat jedoch den Nachteil, dass nicht jeder Kern ein richtiges Ergebnis liefert: Wenn zwei nachzuweisende Chromosomen im Kern zufällig nebeneinander liegen, dann lassen sich beide nicht als zwei Signale erkennen. Es müssen daher viele Kerne ausgezählt werden und ein Vergleich mit bekanntermaßen normalen Kernen muss durchgeführt werden, um eine sichere Aussage treffen zu können. Der Vorteil dieses Verfahrens liegt in der höheren Geschwindigkeit, da eine Vermehrung der Zellen im Labor nicht oder nur in geringerem Umfang nötig ist. Auch bei der Charakterisierung von [[Markerchromosom]]en wird FISH eingesetzt.<ref>L. Brecevic, S. Michel, H. Starke, K. Müller, N. Kosyakova, K. Mrasek, A. Weise, T. Liehr: ''Multicolor FISH used for the characterization of small supernumerary marker chromosomes (sSMC) in commercially available immortalized cell lines.'' In: ''Cytogenetic & Genome Research.'' 114, Nr. 3,4, 2006, S. 319–324, [[doi:10.1159/000094220]].</ref>

Bei der ''Untersuchung des [[Genom]]s von [[Tumor]]-Zellen'' wird FISH eingesetzt, um [[Chromosomenaberration]]en festzustellen. Beispielsweise können Metaphasepräparate mit FISH untersucht werden, um chromosomale Umbauten zu erkennen, die sich durch [[Chromosom|G-Bänderung]] nicht diagnostizieren lassen. Hierfür können Sonden für verschiedene menschliche Chromosomen der Reihe nach ausprobiert werden. Vielfarben-FISH erlaubt es auch, sämtliche Chromosomen in unterschiedlichen Farbkombinationen nachzuweisen, so dass sämtliche Umbauten zwischen verschiedenen Chromosomen in einem Experiment erkannt werden können.<ref>Michael R. Speicher, Stephen Gwyn Ballard, David C. Ward: ''Karyotyping human chromosomes by combinatorial multi-fluor FISH.'' In: ''[[Nature Genetics]].'' 12, 1996, S. 368–375, [[doi:10.1038/ng0496-368]].</ref><ref>E. Schröck, S. du Manoir, T. Veldman, B. Schoell, J. Wienberg, M. A. Ferguson-Smith, Y. Ning, D. H. Ledbetter, I. Bar-Am, D. Soenksen, Y. Garini, T. Ried: ''Multicolor Spectral Karyotyping of Human Chromosomes.'' In: ''[[Science]].'' 273, Nr. 5274, 1996, S. 494–497, [[doi:10.1126/science.273.5274.494]].</ref> Die hierfür erforderlichen Methoden sind jedoch anspruchsvoll und erfordern eine spezielle mikroskopische Ausstattung. Manche chromosomale Umbauten treten bei bestimmten Tumorarten gehäuft auf, beispielsweise das [[Philadelphia-Chromosom]] bei manchen [[Leukämie]]n. Bei [[Non-Hodgkin-Lymphom]]en haben verschiedene Untergruppen unterschiedliche typische genetische Veränderungen. Das Vorhandensein solcher Veränderungen kann mit FISH gezielt getestet werden.
<!-- weitere Anwendungsgebiete:
Strahlenbiologie,  Zellkerntopographie. Evolutionsbiologie. historisch: Genlokalisation
-->

== Literatur ==
* A. R. Leitch, T. Schwarzacher, D. Jackson, I. J. Leitch: ''In situ-Hybridisierung.'' Spektrum Akademischer Verlag, Heidelberg/Berlin 1994.
* J. M. Levsky, R. Singer: ''Fluorescence in situ hybridization: past, present and future.'' In: ''Journal of Cell Science.'' 116, Nr. 14, S. 2833–2838, PMID 12808017, [[doi:10.1242/jcs.00633]].

== Weblinks ==
* [http://www.genepaint.org/ GenePaint.org] (Datenbank für [[Genexpression]]smuster im Mausembryo, die mit In-situ-Hybridisierung untersucht wurden)

== Einzelnachweise ==
<references />

{{Normdaten|TYP=s|GND=4215968-4|LCCN=sh90000762}}

{{SORTIERUNG:Insituhybridisierung}}
[[Kategorie:Molekularbiologie]]
[[Kategorie:Entwicklungsbiologie]]
[[Kategorie:Biophysikalische Methode]]
[[Kategorie:Nukleinsäure-Methode]]
[[Kategorie:Biochemisches Nachweisverfahren]]