Mikrosatelit

Pregledana verzija ove stranice, odobrena dana 14 februar 2015, zasnovana je na ovoj izmjeni.

Mikrosateliti (SSR – Simple Sequence Repeats ili također SSLP – Simple sequence length polymorphism) su kratke, nekodirajuće sekvence DNK koje se često ponavljaju u genomu nekog organizma. Često je više ponavljanja fokusirano na istom genskom lokusu.^[1]

Ponavljanje sekvence u mikrosatelitu je vrlo jednostavno. Sastoji se od 2-4 nukleotida i mogu se ponovo pojaviti i 10 do 100 put. Sekvenciranjem lokusa mikrosatelita, dobiju se sekvence, kao što su ...—A-T-T-A-G-T-A-G-T-A-G-T-A-G-T-A-G-T-A-G—...

Mikrosateliti su najčešći oblik ponavljanja DNK sekvenci.^[2]

Najčešći ponavljajući dinukleotidi su tipa (C-A) i čine oko 0,5% genoma.

Klasifikacija

Mikrosateliti se klasificiraju prema broju pripadajućih nukleotida za ponavljanje, kao što su: mono, di, tri, tetra, penta ili hexanucleotidi. Klasifikacija uključuje standarde: ili savršen ':. npr:

Čisti ili sanršeni : Jedan motiv se ponavlja n puta, kao (AC)₉
Čisti isprekidani: Jedan motiv s ponavlja n puta, gdje se nukleotidi ubacuju između različitih ponavljanja, npr(CA)₂AA(CA)₁₂
Miješani: Dva ili više ponavljanja motiva u seriji, , kao (GT)₂(TG)₁₀
Miješani isprekidani: Najmanje jedan od razloga predstavlja prošarano-isprekidanog pojavljivanja nukleotida, npr: (CT)₄(GT)₂CTAT(GT)₁₅
Kompleksni: Kombinacije bilo kojeih od navedenih klasa, bez ikakvog definiranog obrasca u poretku, npr. (ACC)₈+TG+(GA)₁₂+(TTA)₅+GC+(TTA)₄

Primjena

Mikrosateliti manje ili više distribuirani širom genoma eukariota, a u nihovom prisustvo u telomerim regijama opisane su mnoge pridruženih bolesti . Međutim, čak i funkcionalni značaj ovih sekvenci nije poznat, iako je najprihvaćenija hipoteza sugerira da se mogu odnositi na pakovanje i kondenzaciju DNK u hromosomu , iako s niskim frekvencijama u kodirajučim regijama, a možda i u telomerama . Njegove posebne prednosti u proučavaju polimorfizma su niska cijena i kodominantnost pa je upotreba mikrosateliti je imala veliki uticaj na proučavanje genetike životinja, biljaka i ljudi, samog otkrića 1989. godine. ^[3]

U studija povezanosti, proučavane su porodice sa koncentriranom bolesti, opisana je vezanost ovih markera sa monogenskim ili |oligogenskim bolestima. Tako su geni BRCA1 i BRCA2 nađen uz kao rak dojke) ili MSH2 (stimulirajući hormon za melanocite). [[Fail:PAGE AgStain Microsat.jpg|thumb|320px|Jedan broj uzoraka primjeraka DNK Littorina plena umnoženih polimeraznom lančanom reakcijom, uz prajmer koji jeusmjeren na varijablu jednostavne sekvence ponavljanja (SSR, poznatiji kao mikrosatelitski lokus. Uzorci su dobijeni na 5% poliakrilamidnom gelu i vidljio obojeni srebrom.]]

Mikrosateliti su upotrebljivi za genetičke analize, jer je broj ponavljanja individualno drugačiji i zato se segmentiranjem DNK restrikcijskim enzimima, kod različitih jedinki, dobiju fragmenti različitih dužina. Na ovaj način se jednostavno identificiraju polimorfizmi DNK molekula. Analiza dužine mikrosatelita u određenom mjestu ( genskom lokusu) u određenom genomu se odvija putem polimerazne lančane reakcije (PCR). U ovom slučaju, upotrebljavaju se kratki sintetički oligonukleotidi (tzv prajmeri, koji su komplementarni onima u DNK sekvenci na proučavanom mikrosatelitu. Dva (obično različita) PCR proizvoda mogu biti odvojeni u gelu, pri čemu se se određuje i njihova dužina.

Programi za mikrosatelite

Program	Algoritam	Savršeno	Nesavršeno	Veličina motiva, savršena	Veličina motiva, nesavršena	Potrebna biblioteka motiva	Ima alternativna prepoznavanja	Djelomično ili potpuno preklapanje mikrosatelita	Specijalne mogućnosti
MISA
Phobos	Tačno	Da	Da	1 - >5000	1 - >50	Ne	Da	Da
REPuter
SciRoKo	Tačno	Da	Da	1-6	1-6	Ne	?	?	Interaktivna analiza rezultata
Sputnik	Tačno	Da	Da	1-5	1-5	Ne	Ne	Ne
Tandem Repeats Finder	Vjerovatno	Da	Da	1-2000	1-2000	Ne	Da	Da
Troll	Tačno	Da	nein	1-6	-	Da	Ne	?

Reference

^ Bajrović K, Jevrić-Čaušević A., Hadžiselimović R., Ed. (2005): Uvod u genetičko inženjerstvo i biotehnologiju. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, ISBN 9958-9344-1-8.
^ Jarne, P., Lagoda P. J. L. (1996): Microsatellites, from molecules to populations and back. Trends in Ecology and Evolution, 11 (10): 424–429. doi:10.1016/0169-5347(96)10049-5. PMID 21237902.
^ Vanhala T. Et al (1998): Evaluation of genetic variability and genetic distances between eight chicken lines using microsatellite markers. Poultry Science. 77: 783-790.

Također pogledajte

[1] Bajrović K, Jevrić-Čaušević A., Hadžiselimović R., Ed. (2005): Uvod u genetičko inženjerstvo i biotehnologiju. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, ISBN 9958-9344-1-8.

[2] Jarne, P., Lagoda P. J. L. (1996): Microsatellites, from molecules to populations and back. Trends in Ecology and Evolution, 11 (10): 424–429. doi:10.1016/0169-5347(96)10049-5. PMID 21237902.

[3] Vanhala T. Et al (1998): Evaluation of genetic variability and genetic distances between eight chicken lines using microsatellite markers. Poultry Science. 77: 783-790.

[1]

[2]

[3]