Edukira joan

CRISPR

Wikipedia, Entziklopedia askea
CRISPR / Cas konplexua (urdinez) E. coliren DNA itura (laranjaz) lotuta.
CRISPR-Cas9, geneak mozteko guraizeak. Teknopoliseko bideoa.

CRISPRak (ingelesez Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats, euskaraz Errepikapen Palindromiko Laburrak, Multzokatuak eta Tarteka Bateratuak) bakterioen DNA-sekuentzien familiak dira. Bakterioei eraso egin dieten birusen DNA zatiak dituzte sekuentzia horiek. Bakterioek antzeko birusen eraso berrietan DNA detektatu eta suntsitzeko erabiltzen dituzte zati horiek eta, hala, haietatik eraginkortasunez defendatzeko. Sekuentzia horiek giltzarri dira bakterioak babesteko sistemetan, eta CRISPR / Cas9 teknologia ezagunean erabiltzen dira. Teknologia horrek eraginkortasunez eta espezifikotasunez aldatzen ditu geneak organismoen barruan. Termino teknikoagoetan, CRISPR sekuentziak base-sekuentzien errepikapen laburrak dituzten DNA-locusak dira. Errepikapen bakoitzaren ondoren, DNA espaziatzailearen segmentu motzak daude, birus baten pean egotearen ondorioz eratorri direnak.[1] Bakterio-genomen % 40tan eta arkeetako genoma sekuentziatuen % 90etan daude gutxi gorabehera.[2] Sarritan, espaziatzailearen segmentuak CRISPRekin lotutako proteina nukleasetarako kodetzen duten cas geneekin lotuta egoten dira. CRISPR/Cas prokariotoen immunitate-sistema da, zeinak kanpoko eragileen aurreko erresistentzia ematen dien, hala nola plasmido eta fagoen[3][4] aurrekoa eta, horrela, hartutako immunitate mota bat sortzen duen. CRISPRen espaziatzaileek sekuentzia espezifikoak ezagutzen dituzte, eta nukleasak elementu geniko exogenoak moztera eta degradatzera gidatzen dituzte, sistema eukariotikoetako iRNA-aren analogo gisa jokatuz.[1]

2013az geroztik, CRISPR/Cas sistema geneak editatzeko, gene espezifikoen sekuentziak gehituz, etenez edo aldatuz, eta, zenbait espezietan, geneak erregulatzeko erabili da.[5] Zelula bati Cas9 proteina eta RNA gidari egokiak txertatuz gero, genoma nahi den lekuetan ebaki daiteke, eta haren sekuentziak erabilitako gidarien osagarriak izango dira. Horri esker, geneak funtzionalki ezaba daitezke edo mutazioak sar dakizkieke, DNA konpontzeko zelularen makineriak egindako ebaketa konpondu ondoren, haien ondorioak aztertzeko. CRISPR/Cas9 sistemaren azken aldaketei esker, geneen transkripzioari ere eragin dakioke; horrela, geneen funtzionamendu-maila aldatzen da, baina ez informazio genetikoa.

Mekanismoa

[aldatu | aldatu iturburu kodea]

Espaziatzaileen eskuratzea CRISPR locien barruan

[aldatu | aldatu iturburu kodea]

Erantzun immunearen lehen etapa DNA inbaditzailea harrapatu eta espaziatzaile gisa CRISPR locus batean sartzea da. Cas1 eta Cas2 proteinen prebalentziak espaziatzaileak eskuratzeko erabiltzen direla agerian utzi zuen, CRISPR guztiek egitura errepikakor erregularra partekatzen baitute. Mutazio-azterketek hipotesi hori berretsi dute; izan ere, Cas1 edo Cas2 proteinak kentzeak espaziatzaileak eskuratzea eragozten du, CRISPR erantzun immunea bera ukitu gabe.[6][7][8][9][10] Datu funtzionalek eta mutazio genetikoaren azterketek Cas1 eta Cas2 proteinek DNA inbaditzailearen zatiak ebaki eta CRISPR moldaketetan txertatzen dituztela iradokitzen dute.[11][12][13][14][15][16]

CRISPen mekanismo posiblearen diagrama.

Espaziatzaile (protoespaziatzaile) gisa ebakitako fago-genomen eskualdeen analisi bioinformatikoak erakutsi du horiek ez daudela ausaz banatuta, baizik eta DNA-sekuentzia laburren (PAM edo Protospacer Adjacent Motifs sekuentzien) ondoan.[17] Hiru dibisio handietako CRISPR-Cas sistemen azterketak erakutsi du PAM sekuentziak I. eta II. motako sistemetarako garrantzitsuak direla, baina ez III. sistemarako, espaziatzaileen eskuratze-prozesurako.[18][17][19][20][21][22]

Espazializatzaile berriak CRISPR moldaketa bati gehitzen zaizkio, norabide batean,[23] nagusiki baina ez esklusiboki sekuentzia liderraren ondoan.[24][19][20][25][26][21][27] E. coliren I-E motako sistemaren analisiak erakutsi du lehen errepikapen zuzena, sekuentzia liderraren ondoan dagoena, kopiatu egiten dela eta berriki lortutako espaziatzailea lehenengo eta bigarren errepikapen zuzenen artean sartzen dela.[9][28] Badirudi PAM sekuentzia ere garrantzitsua dela I-E motako sistemen espaziatzaileak txertatzeko. I-E sistemaren PAM sekuentziak sendo kontserbatutako amaierako nukleotido bat du protoespaziatzailearen lehen nukleotidoaren ondoan, eta nukleotido hori lehenengo errepikapen zuzenean azken oinarri bihurtzen dela erakutsi da.[10][29][30] Horrek aditzera ematen du espaziatzaileak eskuratzeko makineriak kate bakuneko overhangak sortzen dituela, espaziatzailea errepikapen zuzenaren azkenaurreko posizioan eta PAMean txertatzen denean. Hala ere, badirudi CRISPR-Cas sistema guztiek ez dutela mekanismo hori, beste organismo batzuetan karakterizatutako PAMek ez baitute kontserbazio-maila bera azken posizioan.

Interferentzia-etapa

[aldatu | aldatu iturburu kodea]
CRISPRen hartutako immunitatearen etapak.

CRISPR bidezko erantzun immunea bi etapatan gertatzen da: CRISPR-RNA-ren biogenesia (RNAcr) eta RNAcr-ek gidatutako interferentzia. CRISPRen moldaketa bat transkribakin luze bakar batean transkribatzen da.[6][31][32] Transkripto hori errepikatutako sekuentzien barruko ebakien bidez prozesatzen da RNAcr osatzeko. RNA helduak ekoizteko mekanismoak nabariki aldatzen dira CRISPR-Cas-en hiru sistema nagusien artean. Bai I-E motako sistemetan, bai I-F motako sistemetan, hurrenez hurren Cas6e eta Cas6f proteinek zuzeneko errepikapenen izaera palindromikoak sortutako giroak ezagutzen dituzte.[33][34][35][36] Proteina horiek kate bakuneko eta bikoitzeko RNAen arteko loturan ebakitzen dute transkripto primarioa, eta 8 nukleotidoko 5’ mutur bat uzten dute. III. motako sistemek ere Cas6 proteina erabiltzen dute; hala ere, haien errepikapenek ez dute girosstem-loopik eragiten. Horren ordez, transkripto primarioa Cas6-an kiribilduz zatitzen da, errepikapen-sekuentziaren aurretik banatzeko.[37][38][39] II. motako sistemek ez dute Cas6 genea; beraz, RNAsaIII erabiltzen dute ebakiak egiteko. II. motako sistema funtzionalek RNA gehigarri txiki bat kodetzen dute, RNA transaktibatzaile (tracrRNA) deritzona eta errepikapenen sekuentziaren osagarri dena.[7] tracrRNA-ren eta CRISPR transkripto primarioaren transkripzioak oinarriak parekatzea  eta errepikapenen sekuentzian RNA bikoitza eratzea eragiten du. Ondoren, RNAasaIII-k RNAcr eratzeko ebakiko du. Beste bi sistemek ez bezala, RNAcr-ak ez du espaziadore osoa, mutur batean hamar nukleotidoz zatituta baitago.[40]

RNAcr-ak Cas proteinekin lotzen dira, azido nukleiko arrotzak ezagutzen dituzten erribonukleotidoen konplexuak eratzeko. Fagoekin eta plasmidoekin egindako esperimentuek agerian utzi dute RNAcr-ek ez dutela ez kate kodetzailea ez eta kate ez-kodetzailea lehenesten, eta horrek RNAk gidatutako DNArako berariazko sistema bat dagoela uzten du agerian.[4][6][10][41][42][43][44] I-E motako konplexuak (multzo modura Cascade deritzenak) bost Cas proteina behar ditu, itsasoko zaldi bat gogorarazten duen konfigurazio batean moldatuak, "bizkarrean" zehar lotuta dagoen kate bakuneko RNAcr-ari lotuak.[45][46] I. motako sistemen interferentzia-etapan, PAM sekuentzia RNAcr-ren kate osagarrian ezagutzen da, eta RNAcr-aren parekaketarekin batera behar da. I. motako sistemetan, RNAcr-a eta protoespaziadoreak behar bezala parekatzeak konformazio-aldaketa bat seinaleztatzen du Cascaden, DNA degradatzeko Cas3 proteina biltzen duena.

II. motako sistemek funtzio anitzeko proteina bat erabiltzen dute, Cas9-a, interferentzia-etaparako.[40] Cas9 proteinak RNAcr-a nahiz tracRNA behar ditu bere funtzioa betetzeko, eta DNA ebakitzen du endonukleasako domeinu dualak erabiliz: HNH eta RuvC.

III. motako sistemek, I. motakoek bezala, proteina anitzeko konplexu bat behar dute RNAcr-arekin elkartzeko. Interferentzia gertatzen den bitartean, DNA propioa eta kanpokoa bereizteko mekanismoa RNAcr-en barruan dago eta, beraz, 3 sistemetan kontserbatzen dela ondorioztatzen da.[47][48] Mota bakoitzaren heltze-prozesu bereizgarrian zehar ere, RNAcr guztiek sekuentzia espaziatzailea eta errepikapenaren zati bat dituzte mutur batean edo bietan. Errepikapenen sekuentzia partzialak eragozten du CRISPR-Cas sistemak kromosomari eraso egitea; izan ere, espaziatzailearen sekuentziatik haragoko baseak parekatzeak propioa dela erakusten du, eta kromosoman DNA ebakitzea eragozten du.[48][49][50] V motako murrizketa-entzima gisa sailkatzen dira RNAk gidatutako CRISPR entzimak.

Eboluzioa

[aldatu | aldatu iturburu kodea]

Streptococcus thermophilusen egindako azterketek erakutsi dute nola bultzatzen dituzten CRISPR sistemek fagoak eta bakterioak eboluziorantz. CRISPR espaziatzaileak guztiz bat etorri behar dira fagoaren itu-genearen sekuentziarekin. Fagoek ostalariak infektatzen jarrai dezakete espaziatzailean mutazio puntualak daudenean.[50] Antzeko eskakizunak ezartzen ditu PAM sekuentziak, edo anduiak fagoekiko sentikorra izaten jarraituko du.[20][50] Txertatutako espaziatzaileek fagoen genomak aldatzen dituzten eredua da CRISPR eboluzioaren oinarrizko eredua. Horrek dibertsitate handia eragiten du  fago eta bakterioen populazioetan.

CRISPRen bilakaera aztertzeko, S. thermophilus, Escherichia coli eta Salmonella entericaren andui askoren genomika konparatiboa erabili da. S. thermophilusen 124 anduiren ikerketa batek erakutsi du espaziatzaile guztien % 26 bakarrak direla, eta CRISPRen locus desberdinek espaziatzaileak eskuratzeko tasa desberdinak dituztela.[19] Emaitzek erakutsi dute CRISPR locus jakin batek beste batzuek baino azkarrago eboluziona dezakeela, eta horrek anduien artean erlazio filogenetikoak ezartzen laguntzen duela. E. coli eta S. enterica anduien antzeko analisi batek erakutsi du S. thermophilusek baino askoz mantsoago eboluzionatu dutela. S. thermophilusen anduiek, duela 250.000 urte baino gehiago elkarrengandik aldendu zirenek, espaziatzaile osagarri bera mantentzen dute.[51]

CRISPRen aniztasuna hainbat ingurumen-komunitatetan aztertu da metagenomika erabiliz. Bi meatzeren drainatze azidoen biofilmen azterketak erakutsi du aztertutako CRISPRetako batek delezio eta espaziatzaile estentsiboak dituela beste biofilmarekin alderatuta, eta horrek erakusten du komunitate batean fago-jarduera handiagoa dagoela beste batean baino.[24] Aho-barrunbearen denboran zeharreko ikerketa batek agerian utzi duenez, espaziatzaileen % 7 eta % 22 artean partekatzen dira banako berean 17 hilabetean zehar, eta espaziatzaileen % 2 baino gutxiago banako desberdinen artean partekatu dira edozein denbora-tartetan.[26] Giro horretatik, andui jakin bat isolatu da, CRISPRerako PCR hasle espezifikoak erabiliz. Espaziatzaileen presentziaren/gabeziaren emaitza orokorrek aniztasun nabarmena erakusten zuten. CRISPR horrek, ordea, 3 espaziatzaile gehitu ditu 17 hilabetean zehar,[26] eta CRISPR aniztasun handiko giroan ere locus batzuek mantso eboluzionatzen dutela iradokitzen du. Giza mikrobiomaren proiektuan sortutako metagenometan ere aztertu dira CRISPRak.[52] CRISPR gehienak leku jakin batean espezifikoak dira, eta CRISPR batzuk oso erraz aurkitzen dira pertsonen artean. CRISPR locus horietako bat Streptococcus generoko espezieei buruzko ikerketetan sortu da, eta 15,000 espaziatzaile inguru izan dituzte, horietatik % 50 bakarrak. Aho-barrunbean egindako azterketetan bezala, CRISPRetako batzuek bilakaera txikia izan dute denboran zehar.[52]

CRISPRen eboluzioa kimiostatoetan aztertu da S. thermophilus erabiliz, espaziatzaileak eskuratzeko tasa esplizituki aztertzeko. Astebetean, S. thermophilusen anduiek hiru espaziatzaile hartu dituzte, fago bakar baten aurrean jarri direnean.[53] Denbora-tarte berean, fagoak zenbait SNP garatu ditu, populazioan finko geratu direnak. Horrek iradokitzen du CRISPRek mutazio horiek ez dituzten beste fago guztien erreplikazioa eragotzi duela.[53] S. thermophilusekin egindako beste esperimentu batzuek frogatu dute fagoek espaziatzaile bakarra duten ostalariak infekta ditzaketela eta bertan erreplikatu eta, bestalde, ostalari sentikorrak existitzen direla fago-kontzentrazio altuak dituzten giroetan.[54] Kimiostato bidezko azterketek eta CRISPRen behaketek ondorio asko ekartzen dituzte CRISPR eta fagoen eboluzioaren emaitzara.

Funtzioak

[aldatu | aldatu iturburu kodea]

Edizioa

[aldatu | aldatu iturburu kodea]

CRISPR mekanismoak base-pareak gehitu eta ezaba ditzake oso espezifikoak diren DNA-locusetan. CRISPR mekanismoa erabiliz posible izan da bost gene baino gehiago moztea aldi berean.[55]

Knockout itzulgarria

[aldatu | aldatu iturburu kodea]

iCRISPRak iRNAen analogoak dira eta geneak modu itzulgarrian desaktibatzeko gaitasuna dute, mozketarik egiten ez dutenez sekuentziekiko espezifikoak izan arren. Bakterioetan, iCRISPRak lotzea nahikoa da geneak isilarazteko, baina ugaztunetan, proteina-sail bat gehitu behar zaio iCRISPRari transkripzioa geldiarazi nahi bada.[55]

Aktibazioa

[aldatu | aldatu iturburu kodea]

Cas9 entzima giza gene espezifikoetara transkripzio-faktore sintetikoak (geneak aktibatzen dituzten proteina-zatiak) eramateko erabili izan da. Teknika hori arrakastatsua izan da, CRISPR eragile asko genearen sustatzaileko leku ezberdinetara zuzentzea lortu baita. Gene horietako batzuk giza gaixotasunei loturikoak dira, besteak beste, muskuluen bereizketari, minbiziari, hanturari eta fetu-hemoglobinaren ekoizpenari loturikoak.[55]

Fagoen erabilera

[aldatu | aldatu iturburu kodea]

Bakterioek fagoen inbasiotik babesteko duten beste mekanismo bat irla genomikoak izatea da. Phage-Inducible Chromosomal Island (PICI) deritzon azpiirla bat bakterio-kromosomatik mozten da fagoak bakterioa infektatzen duenean, eta fagoen erreplikazioa inhibi dezake.[56] PICI sistema aktibatzen duten mekanismoak eta fagoaren erreplikazioa inhibitzen duten mekanismoak ez dira orain arte ulertu. Ikerketa baten arabera, ICP1 fago litikoak Vibrio choleraeren PICI motako elementu bat itu duen CRISPR/Cas sistema bat garatu du. ICP1 fago litikoak espezifikoki V. choleraeren 01 serotipoa erasotzen du. Sistemak bi CRISPR locus eta 9 Cas gene ditu. Badirudi Yersinis pestisen aurkituriko 1-F sistemaren homologoa dela. Gainera, bakterioetan gertatzen den bezala, ICP1 CRISPR/Cas sistemak sekuentzia berriak eskuratzeko ahalmena du, eta horrek aukera ematen dio fagoari ostalariarekin batera eboluzionatzeko.[57]

Aplikazioak

[aldatu | aldatu iturburu kodea]

2012an[58] CRISPR/Cas sistemaren berbideratze espezifikoaren printzipioa frogatu zen eta, ordutik aurrera, CRISPR eratorriak bioteknologian aplikatzeko proposamenak hasi ziren:[59]

  • Garrantzi industriala duten bakterioetan CRISPR locusa txertatuz lorturiko fagoen aurkako immunizazio artifiziala, elikagaien ekoizpenean eta hartziduran erabilitako bakterio-espezie anitzetan.
  • Bakterio-anduien bereziketa sekuentzia espaziatzaileen alderaketaren bidez.

Terapiak

[aldatu | aldatu iturburu kodea]

Editas Medicine izeneko 43 milioi dolarreko start up estatu batuarrak CRISPR/Cas sistema erabiltzen duten tratamenduak garatu nahi ditu, base-pare espezifikoetatik hasita DNA-segmentu handiagoetan ere edizioak egiteko. Zenbait gaixotasun, hala nola fibrosi kistikoa eta anemia, base-pare bakar baten mutazioak eragiten ditu. CRISPR/Cas teknologiak mutazio horiek zuzentzeko gaitasuna du. Zuzendutako geneak kromosoman izan ohi duen lekua hartzen du, eta baldintza normaletan zelulak eragingo liokeen aktibazio edo inhibizio maila mantentzen du.

Pazienteen hezur-muineko hemozitoblastoak kultibatu ostean, CRISPR bidezko kirurgia genetikoak gene akastuna zuzendu lezake printzipioz. Zuzenduz gero, zelulak pazientearen muinera birsartuko lirateke eta, hortik aurrera, zelula osasuntsuak ekoitziko lituzke organismoak. Zelula akastunen % 70 ordezkatzearekin sendagaia lortuko litzateke.[65] Erabilera klinikoaren aurretik, edizioak helburu den eskualdeari bakarrik eragingo diola bermatu behar du konpainiak, eta pazienteei emango zaien terapiaren nondik norakoak argitu behar ditu. 2014.urtean, UCSFko ikertzaile talde batek CRISPRak erabili zituen beta-talasemia duten pazienteen ama-zelula osasuntsuak sortzeko.[66] 2020ko ekainean, CRISPR Therapeutics enpresak beta-talasemia zuten bost gaixo eta anemia faltziformea zuten bi gaixo CTX001ekin arrakastaz tratatu zirela jakinarazi zuen.[67] CTX001 Vertex Pharmaceuticals eta CRISPR Therapeutics enpresek aztertzen duten garapen-terapia bat da.[68] Bigarren konpainiak emandako berrian honakoak aipatu ziren: alde batetik, beta-talasemia pairatzen zuten bi pazienteak transfusioekiko independente bihurtu zirela hemoglobina fetalaren genearen (HbF) adierazpena inhibitzen zuen genearen ediziotik 5 eta 15 hilabete ostean; eta bestetik, anemia faltziformea pairatzen zuen paziente bat gaixotasunaren krisi baskooklusibotik libre geratu zela CTX001-en ediziotik 9 hilabetera.

CRISPRarekin trata daitezkeen beste patologia batzuk ere badira: Huntington gaixotasuna, zahartzaroaren ondorioak, eskizofrenia, autismoa eta enbrioi bizietako DNA-aldaketa.

CRISPR teknika medikuntzan erabili aurretik beharrezkoa da zuzentze-sistema hobetzea. Gaur existitzen diren RNA gidariek lan egin dezakete helmugako sekuentziatik base batzuetan ezberdinak diren sekuentzietan.[55]

Eredu murinoak

[aldatu | aldatu iturburu kodea]

CRISPRak sagu ereduen sorrera errazten du, eta beharrezko denbora zenbait hilabetetatik zenbait astetara murrizten du. Gene endogenoen knockdowna espaziataile batekin banaturiko CRISPR gune bat duen plasmido baten transfekzioarekin lortu da, zeinak gene itua inhibitzen duen. Sagu-zigotoetan egindako Cas9-aren eta bi RNA gidariren txertaketak bi generen desaktibazioa eragin du, % 80ko eraginkortasunarekin. Homologiaz gidaturiko zuzenketa DNA mozteko Cas9 erabiltzean datza, hala, zigotoari gene-zati berriak gehituz.

Nekazaritza

[aldatu | aldatu iturburu kodea]

2014.urtean, Garo Caixa ikertzaile txinatarrak oidio gaixotasunarekiko erresistentea den gari-andui bat sortzeko patentea eskatu zuen. Andui berriari oidioaren aurkako defentsak erreprimitzen dituzten proteinen geneak falta zaizkio. Ikertzaileek gariaren genoma hexaploidean zehar gene horiek zituzten kopia guztiak ezabatu zituzten. Andui hori sortzearen helburua gaixotasunaren aurkako fungiziden erabilera murriztea edo ezabatzea zen. Gao ikertzaileak transcription activator-like effector nuclease (TALENs) eta CRISPRa erabili zituen geneak gehitu eta aldatzeko. Oraindik ez da anduiari dagokion landa-probarik egin.[69][70]

Entomologia

[aldatu | aldatu iturburu kodea]

Zelula diploide eukariotikoetan egiten diren funtzio-galeraren analisi gehienak siRNA bidez egiten dira. Azken urteotan, ordea, garrantzi handia hartu du Cas9 proteinari lotutako CRISPR teknologiak. CRISPR sistemak eraginkortasun handiz identifikatzen ditu farmakoen erresitentziari, tumorigenesiari, erantzun immuneari, patogenoekiko interakzioari eta minbiziaren immunoterapiari dagozkien geneak. Horren adibide da Bombyx morin egindako ikerketa, zeinetan zelula-bideragarritasunari, hazkundeari, ostalari-patogeno interakzioei eta tenperaturarekiko erresistentziari loturiko geneak identifikatu zituzten, eta 6000 gene ezberdin karakterizatu.[71]

Eskualde genomiko ez-kodetzaileetako elementu funtzionalen identifikazioa

[aldatu | aldatu iturburu kodea]

Markatzaile molekularrak, hala nola egoera epigenetikoa, kromatinarako eskuragarritasuna, transkripzio-faktoreen arteko lotura eta kontserbazio ebolutiboa, korrelazioan daude genoma ez-kodetzaileko elementu funtzional putatiboekin, eta haien funtzio erregulatzailea aurresan dezakete.[72] Dena den, iragarpen horiek ezaugarririk ez duen eskualde kopurua gainditzen dute neurri handi batean, eta zaila da fenotipoan edo funtzioan duten eragina benetakoa edo ausazkoa den jakitea.

Kausalitatea egiaztatzeko ahaleginak aurrehautatutako DNA zatiak[73] erabiltzean oinarritu dira, eta euren adierazpenean funtzioan baino. Dena den, metodo horiei lekuko kromatinaren eta interakzio erregulatzaile zabalagoen testuingurua falta zaie. Hortaz, ikuspegi sistematikoak behar dira aldagai ez-kodetzaileak bahetzeko eta jatorrizko testuinguru biologiko batean fenotipoei eragiten dieten egiaztatzeko. Horretarako, CRISPR-Cas9-an RNA gidarien liburutegi bat erabiltzen zuen etekin altuko metodo bat diseinatu zen, fenotipoarekin eta geneen erregulaziorekin loturiko eskualde funtzionalak indentifikatzeko locus ez-kodifikatzaileen artean. Genoma osoko beste saiakuntza batzuekin konbinatuta, kromatinaren eta transkripzio-faktoreen testuinguru-aldaketak gene-adierazpenari eta gaixotasunaren fenotipo nabarmen bati kausalki lotuta daudela egiaztatzeko teknikak duen etekin altua frogatu da.[74][75]

Teknika horren adibide gisa lokalizazio genomiko ez-kodetzaileak hautematea dugu, medikamentuekiko erresistentzia modulatzen baitute:

Vemurafenibek mutazioaren eramaile diren B-Raf proteinak[76] inhibitzen ditu (balinaren ordez glutamatoa erabiltzen da 600.posizioan), melanomen % 50-70etan agertzen baitira.[77] Vemurafenibaren aurkako erresistentzia hilabete gutxiren buruan sortzen da melanoma duten ia paziente guztietan, eta bizirauten duten tumore-zelulak are gehiago gaiztotzen dira. Horren ondorioz, minbizia hilgarria izatera iristen da.[78][79] Genoma-eskalako CRISPR-baheketa batean ikusi zenez, NF1, NF2 eta CUL3 geneen funtzio-galera eragiten duten mutazioek vemurafenibekiko erresistentzia sortzen dute.[80] Gene horien inguruko eskualde ez-kodifikatzaileetako mutazioek modu berean farmakoarekiko erresistentzia eragin ote zezaketen ikusteko hiru sgRNA liburutegi erabili ziren. Liburutegi horiek gene bakoitzaren isoformetako 5’ eta 3’ eskualdeetako 100 kb inguru mapeatuak zituzten. CLU3 geneko 5’ inguruko eskualde ez-kodetzaileko mutazioek lekuko ingurune epigenetikoak eta transkripzio-faktore ezberdinen interakzioak aldatzen dituztela ondorioztatu zen. Transkripzio-faktore horiek ying yang 1 (YY1), zinc finger protein 263 (ZNF263), CCCTC-binding factor (CTCF) eta Jun:Fos-ek eratutako activation-protein 1 (AP-1) dira, besteak beste. Eskualde ez-kodetzaile horiek garrantzi handia dute geneen erregulazioan eta erresistentzia kimioterapeutiko eta farmakologikoan.

Giza ugalketa

[aldatu | aldatu iturburu kodea]

CRISPR teknikak eta gene-edizioak potentzial handia izan lezakete giza ugalketaren teknologiaren arloan. Adibidez, indibiduoaren bizitza arriskuan jar dezaketen mutazio genetikoak alda litezke. Dena den, gaur egun, CRISPRen erabilera eta arlo bereko edizio genetikoa aplikatu ahal izateko, legezkotasun- eta bioetika-auziak gainditu behar dira oraindik. Hala ere, arlo honetako berri garrantzitsu bat aipatu beharra dago: bi biki txinatar genetikoki eraldatu ziren CRISPR bidez, GIBaren aurkako erresistentzia izan zezaten. Izan ere, GIBa hiesa eragiten duen birusa da. Salbuespen hori alde batera utzita, ugalketa prozesuan CRISPRa erabiltzea hipotesi hutsean gelditzen da.

Arriskuak

[aldatu | aldatu iturburu kodea]

Ingalaterrako Wellcome Sanger Institutuko ikertzaileen arabera, edizio genetikoak genoma editatu den tokiarekin zuzenean lotuta ez dauden mutazioak eragin ditzake. Editatutako eta editatu gabeko geneen arteko konplexutasunak eta erlazioak gene editatuak dituzten pertsonen osasunean eragin lezake.[81] Bere Fenotipo iraultzailea (ingelesez, The revolutionary phenotype) monografian, Jean-François Gariépy neurologo kanadarrak RNAren munduaren hipotesian oinarritutako teoria bat garatzen du, zeinetan giza genomaren edizioak ugalketa biologikoa ordezka lezakeen. Ugalketa biologikoaren ordez, zientzialariek kontrolatutako ugalketa sor liteke, programa informatikoen bidez gurasoen nahiak betetzeko seme-alabentzako edizio genetikoa aukeratuz.[82]

Erreferentziak

[aldatu | aldatu iturburu kodea]
  1. ↑ a b (Ingelesez) Marraffini, Luciano A.; Sontheimer, Erik J.. (2010-03). «CRISPR interference: RNA-directed adaptive immunity in bacteria and archaea» Nature Reviews Genetics 11 (3): 181–190.  doi:10.1038/nrg2749. ISSN 1471-0056. PMID 20125085. PMC PMC2928866. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  2. ↑ (Ingelesez) Grissa, Ibtissem; Vergnaud, Gilles; Pourcel, Christine. (2007-12). «The CRISPRdb database and tools to display CRISPRs and to generate dictionaries of spacers and repeats» BMC Bioinformatics 8 (1): 172.  doi:10.1186/1471-2105-8-172. ISSN 1471-2105. PMID 17521438. PMC PMC1892036. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  3. ↑ (Ingelesez) Barrangou, Rodolphe; Fremaux, Christophe; Deveau, Hélène; Richards, Melissa; Boyaval, Patrick; Moineau, Sylvain; Romero, Dennis A.; Horvath, Philippe. (2007-03-23). «CRISPR Provides Acquired Resistance Against Viruses in Prokaryotes» Science 315 (5819): 1709–1712.  doi:10.1126/science.1138140. ISSN 0036-8075. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  4. ↑ a b Marraffini, Luciano A.; Sontheimer, Erik J.. (2008-12-19). «CRISPR interference limits horizontal gene transfer in staphylococci by targeting DNA» Science (New York, N.Y.) 322 (5909): 1843–1845.  doi:10.1126/science.1165771. ISSN 1095-9203. PMID 19095942. PMC 2695655. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  5. ↑ Mali, Prashant; Esvelt, Kevin M.; Church, George M.. (2013-10). «Cas9 as a versatile tool for engineering biology» Nature Methods 10 (10): 957–963.  doi:10.1038/nmeth.2649. ISSN 1548-7105. PMID 24076990. PMC 4051438. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  6. ↑ a b c (Ingelesez) Aliyari, Roghiyh; Ding, Shou-Wei. (2009-01). «RNA-based viral immunity initiated by the Dicer family of host immune receptors» Immunological Reviews 227 (1): 176–188.  doi:10.1111/j.1600-065X.2008.00722.x. PMID 19120484. PMC PMC2676720. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  7. ↑ a b (Ingelesez) Dugar, Gaurav; Herbig, Alexander; Förstner, Konrad U.; Heidrich, Nadja; Reinhardt, Richard; Nieselt, Kay; Sharma, Cynthia M.. (2013-05-16). Hughes, Diarmaid ed. «High-Resolution Transcriptome Maps Reveal Strain-Specific Regulatory Features of Multiple Campylobacter jejuni Isolates» PLoS Genetics 9 (5): e1003495.  doi:10.1371/journal.pgen.1003495. ISSN 1553-7404. PMID 23696746. PMC PMC3656092. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  8. ↑ (Ingelesez) Hatoum-Aslan, A.; Maniv, I.; Marraffini, L. A.. (2011-12-27). «Mature clustered, regularly interspaced, short palindromic repeats RNA (crRNA) length is measured by a ruler mechanism anchored at the precursor processing site» Proceedings of the National Academy of Sciences 108 (52): 21218–21222.  doi:10.1073/pnas.1112832108. ISSN 0027-8424. PMID 22160698. PMC PMC3248500. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).[Betiko hautsitako esteka]
  9. ↑ a b (Ingelesez) Yosef, Ido; Goren, Moran G.; Qimron, Udi. (2012-07-01). «Proteins and DNA elements essential for the CRISPR adaptation process in Escherichia coli» Nucleic Acids Research 40 (12): 5569–5576.  doi:10.1093/nar/gks216. ISSN 1362-4962. PMID 22402487. PMC PMC3384332. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  10. ↑ a b c (Ingelesez) Swarts, Daan C.; Mosterd, Cas; van Passel, Mark W. J.; Brouns, Stan J. J.. (2012-04-27). Mokrousov, Igor ed. «CRISPR Interference Directs Strand Specific Spacer Acquisition» PLoS ONE 7 (4): e35888.  doi:10.1371/journal.pone.0035888. ISSN 1932-6203. PMID 22558257. PMC PMC3338789. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  11. ↑ (Ingelesez) Babu, Mohan; Beloglazova, Natalia; Flick, Robert; Graham, Chris; Skarina, Tatiana; Nocek, Boguslaw; Gagarinova, Alla; Pogoutse, Oxana et al.. (2011-01). «A dual function of the CRISPR-Cas system in bacterial antivirus immunity and DNA repair: Branched DNA nuclease YgbT» Molecular Microbiology 79 (2): 484–502.  doi:10.1111/j.1365-2958.2010.07465.x. PMID 21219465. PMC PMC3071548. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  12. ↑ (Ingelesez) Han, Dong; Lehmann, Kathleen; Krauss, Gerhard. (2009-06-18). «SSO1450 - A CAS1 protein from Sulfolobus solfataricus P2 with high affinity for RNA and DNA» FEBS Letters 583 (12): 1928–1932.  doi:10.1016/j.febslet.2009.04.047. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  13. ↑ (Ingelesez) Wiedenheft, Blake; Zhou, Kaihong; Jinek, Martin; Coyle, Scott M.; Ma, Wendy; Doudna, Jennifer A.. (2009-06). «Structural Basis for DNase Activity of a Conserved Protein Implicated in CRISPR-Mediated Genome Defense» Structure 17 (6): 904–912.  doi:10.1016/j.str.2009.03.019. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  14. ↑ (Ingelesez) Beloglazova, Natalia; Brown, Greg; Zimmerman, Matthew D.; Proudfoot, Michael; Makarova, Kira S.; Kudritska, Marina; Kochinyan, Samvel; Wang, Shuren et al.. (2008-07). «A Novel Family of Sequence-specific Endoribonucleases Associated with the Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats» Journal of Biological Chemistry 283 (29): 20361–20371.  doi:10.1074/jbc.M803225200. PMID 18482976. PMC PMC2459268. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  15. ↑ Samai, Poulami; Smith, Paul; Shuman, Stewart. (2010-12-01). «Structure of a CRISPR-associated protein Cas2 from Desulfovibrio vulgaris» Acta Crystallographica Section F Structural Biology and Crystallization Communications 66 (12): 1552–1556.  doi:10.1107/S1744309110039801. ISSN 1744-3091. PMID 21139194. PMC PMC2998353. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  16. ↑ (Ingelesez) Nam, Ki Hyun; Ding, Fran; Haitjema, Charles; Huang, Qingqiu; DeLisa, Matthew P.; Ke, Ailong. (2012-10). «Double-stranded Endonuclease Activity in Bacillus halodurans Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR)-associated Cas2 Protein» Journal of Biological Chemistry 287 (43): 35943–35952.  doi:10.1074/jbc.M112.382598. PMID 22942283. PMC PMC3476262. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  17. ↑ a b (Ingelesez) Mojica, F. J. M.; Díez-Villaseñor, C.; García-Martínez, J.; Almendros, C.. (2009-03-01). «Short motif sequences determine the targets of the prokaryotic CRISPR defence system» Microbiology 155 (3): 733–740.  doi:10.1099/mic.0.023960-0. ISSN 1350-0872. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  18. ↑ (Ingelesez) Bolotin, Alexander; Quinquis, Benoit; Sorokin, Alexei; Ehrlich, S. Dusko. (2005-08-01). «Clustered regularly interspaced short palindrome repeats (CRISPRs) have spacers of extrachromosomal origin» Microbiology 151 (8): 2551–2561.  doi:10.1099/mic.0.28048-0. ISSN 1350-0872. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  19. ↑ a b c (Ingelesez) Horvath, Philippe; Romero, Dennis A.; Coûté-Monvoisin, Anne-Claire; Richards, Melissa; Deveau, Hélène; Moineau, Sylvain; Boyaval, Patrick; Fremaux, Christophe et al.. (2008-02-15). «Diversity, Activity, and Evolution of CRISPR Loci in Streptococcus thermophilus» Journal of Bacteriology 190 (4): 1401–1412.  doi:10.1128/JB.01415-07. ISSN 0021-9193. PMID 18065539. PMC PMC2238196. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  20. ↑ a b c (Ingelesez) Deveau, Hélène; Barrangou, Rodolphe; Garneau, Josiane E.; Labonté, Jessica; Fremaux, Christophe; Boyaval, Patrick; Romero, Dennis A.; Horvath, Philippe et al.. (2008-02-15). «Phage Response to CRISPR-Encoded Resistance in Streptococcus thermophilus» Journal of Bacteriology 190 (4): 1390–1400.  doi:10.1128/JB.01412-07. ISSN 0021-9193. PMID 18065545. PMC PMC2238228. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  21. ↑ a b (Ingelesez) Lillestøl, Reidun K.; Shah, Shiraz A.; Brügger, Kim; Redder, Peter; Phan, Hien; Christiansen, Jan; Garrett, Roger A.. (2009-03-19). «CRISPR families of the crenarchaeal genus Sulfolobus: bidirectional transcription and dynamic properties: Archaeal CRISPRs of Sulfolobus» Molecular Microbiology 72 (1): 259–272.  doi:10.1111/j.1365-2958.2009.06641.x. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  22. ↑ (Ingelesez) Shah, Shiraz Ali; Hansen, Niels R.; Garrett, Roger A.. (2009-02-01). «Distribution of CRISPR spacer matches in viruses and plasmids of crenarchaeal acidothermophiles and implications for their inhibitory mechanism» Biochemical Society Transactions 37 (1): 23–28.  doi:10.1042/BST0370023. ISSN 0300-5127. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  23. ↑ (Ingelesez) Pourcel, C.; Salvignol, G.; Vergnaud, G.. (2005-03-01). «CRISPR elements in Yersinia pestis acquire new repeats by preferential uptake of bacteriophage DNA, and provide additional tools for evolutionary studies» Microbiology 151 (3): 653–663.  doi:10.1099/mic.0.27437-0. ISSN 1350-0872. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  24. ↑ a b (Ingelesez) Tyson, Gene W.; Banfield, Jillian F.. (2007-09-26). «Rapidly evolving CRISPRs implicated in acquired resistance of microorganisms to viruses» Environmental Microbiology 0 (0): 070926022719004–???.  doi:10.1111/j.1462-2920.2007.01444.x. ISSN 1462-2912. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  25. ↑ (Ingelesez) Andersson, Anders F.; Banfield, Jillian F.. (2008-05-23). «Virus Population Dynamics and Acquired Virus Resistance in Natural Microbial Communities» Science 320 (5879): 1047–1050.  doi:10.1126/science.1157358. ISSN 0036-8075. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  26. ↑ a b c (Ingelesez) Pride, D. T.; Sun, C. L.; Salzman, J.; Rao, N.; Loomer, P.; Armitage, G. C.; Banfield, J. F.; Relman, D. A.. (2011-01-01). «Analysis of streptococcal CRISPRs from human saliva reveals substantial sequence diversity within and between subjects over time» Genome Research 21 (1): 126–136.  doi:10.1101/gr.111732.110. ISSN 1088-9051. PMID 21149389. PMC PMC3012920. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  27. ↑ (Ingelesez) Erdmann, Susanne; Garrett, Roger A.. (2012-09). «Selective and hyperactive uptake of foreign DNA by adaptive immune systems of an archaeon via two distinct mechanisms» Molecular Microbiology 85 (6): 1044–1056.  doi:10.1111/j.1365-2958.2012.08171.x. ISSN 0950-382X. PMID 22834906. PMC PMC3468723. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  28. ↑ (Ingelesez) Díez-Villaseñor, César; Guzmán, Noemí M.; Almendros, Cristóbal; García-Martínez, Jesús; Mojica, Francisco J.M.. (2013-05). «CRISPR-spacer integration reporter plasmids reveal distinct genuine acquisition specificities among CRISPR-Cas I-E variants of Escherichia coli» RNA Biology 10 (5): 792–802.  doi:10.4161/rna.24023. ISSN 1547-6286. PMID 23445770. PMC PMC3737337. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  29. ↑ (Ingelesez) Goren, Moran G.; Yosef, Ido; Auster, Oren; Qimron, Udi. (2012-10). «Experimental Definition of a Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Duplicon in Escherichia coli» Journal of Molecular Biology 423 (1): 14–16.  doi:10.1016/j.jmb.2012.06.037. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  30. ↑ (Ingelesez) Datsenko, Kirill A.; Pougach, Ksenia; Tikhonov, Anton; Wanner, Barry L.; Severinov, Konstantin; Semenova, Ekaterina. (2012-01). «Molecular memory of prior infections activates the CRISPR/Cas adaptive bacterial immunity system» Nature Communications 3 (1): 945.  doi:10.1038/ncomms1937. ISSN 2041-1723. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  31. ↑ Tang, Thean-Hock; Bachellerie, Jean-Pierre; Rozhdestvensky, Timofey; Bortolin, Marie-Line; Huber, Harald; Drungowski, Mario; Elge, Thorsten; Brosius, Jürgen et al.. (2002-05-28). «Identification of 86 candidates for small non-messenger RNAs from the archaeon Archaeoglobus fulgidus» Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 99 (11): 7536–7541.  doi:10.1073/pnas.112047299. ISSN 0027-8424. PMID 12032318. PMC PMC124276. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  32. ↑ Tang, Thean-Hock; Polacek, Norbert; Zywicki, Marek; Huber, Harald; Brugger, Kim; Garrett, Roger; Bachellerie, Jean Pierre; Hüttenhofer, Alexander. (2005-01). «Identification of novel non-coding RNAs as potential antisense regulators in the archaeon Sulfolobus solfataricus» Molecular Microbiology 55 (2): 469–481.  doi:10.1111/j.1365-2958.2004.04428.x. ISSN 0950-382X. PMID 15659164. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  33. ↑ Gesner, Emily M.; Schellenberg, Matthew J.; Garside, Erin L.; George, Mark M.; Macmillan, Andrew M.. (2011-06). «Recognition and maturation of effector RNAs in a CRISPR interference pathway» Nature Structural & Molecular Biology 18 (6): 688–692.  doi:10.1038/nsmb.2042. ISSN 1545-9985. PMID 21572444. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  34. ↑ Sashital, Dipali G.; Jinek, Martin; Doudna, Jennifer A.. (2011-06). «An RNA-induced conformational change required for CRISPR RNA cleavage by the endoribonuclease Cse3» Nature Structural & Molecular Biology 18 (6): 680–687.  doi:10.1038/nsmb.2043. ISSN 1545-9985. PMID 21572442. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  35. ↑ Haurwitz, Rachel E.; Jinek, Martin; Wiedenheft, Blake; Zhou, Kaihong; Doudna, Jennifer A.. (2010-09-10). «Sequence- and structure-specific RNA processing by a CRISPR endonuclease» Science (New York, N.Y.) 329 (5997): 1355–1358.  doi:10.1126/science.1192272. ISSN 1095-9203. PMID 20829488. PMC 3133607. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  36. ↑ Kunin, Victor; Sorek, Rotem; Hugenholtz, Philip. (2007). «Evolutionary conservation of sequence and secondary structures in CRISPR repeats» Genome Biology 8 (4): R61.  doi:10.1186/gb-2007-8-4-r61. PMID 17442114. PMC PMC1896005. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  37. ↑ Carte, Jason; Wang, Ruiying; Li, Hong; Terns, Rebecca M.; Terns, Michael P.. (2008-12-15). «Cas6 is an endoribonuclease that generates guide RNAs for invader defense in prokaryotes» Genes & Development 22 (24): 3489–3496.  doi:10.1101/gad.1742908. ISSN 0890-9369. PMID 19141480. PMC 2607076. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  38. ↑ Wang, Ruiying; Preamplume, Gan; Terns, Michael P.; Terns, Rebecca M.; Li, Hong. (2011-02-09). «Interaction of the Cas6 riboendonuclease with CRISPR RNAs: recognition and cleavage» Structure (London, England: 1993) 19 (2): 257–264.  doi:10.1016/j.str.2010.11.014. ISSN 1878-4186. PMID 21300293. PMC 3154685. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  39. ↑ Niewoehner, Ole; Jinek, Martin; Doudna, Jennifer A.. (2014-01). «Evolution of CRISPR RNA recognition and processing by Cas6 endonucleases» Nucleic Acids Research 42 (2): 1341–1353.  doi:10.1093/nar/gkt922. ISSN 1362-4962. PMID 24150936. PMC 3902920. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  40. ↑ a b c (Ingelesez) Gasiunas, G.; Barrangou, R.; Horvath, P.; Siksnys, V.. (2012-09-25). «Cas9-crRNA ribonucleoprotein complex mediates specific DNA cleavage for adaptive immunity in bacteria» Proceedings of the National Academy of Sciences 109 (39): E2579–E2586.  doi:10.1073/pnas.1208507109. ISSN 0027-8424. PMID 22949671. PMC PMC3465414. (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).[Betiko hautsitako esteka]
  41. ↑ Garneau, Josiane E.; Dupuis, Marie-Ève; Villion, Manuela; Romero, Dennis A.; Barrangou, Rodolphe; Boyaval, Patrick; Fremaux, Christophe; Horvath, Philippe et al.. (2010-11-04). «The CRISPR/Cas bacterial immune system cleaves bacteriophage and plasmid DNA» Nature 468 (7320): 67–71.  doi:10.1038/nature09523. ISSN 1476-4687. PMID 21048762. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  42. ↑ Semenova, Ekaterina; Jore, Matthijs M.; Datsenko, Kirill A.; Semenova, Anna; Westra, Edze R.; Wanner, Barry; van der Oost, John; Brouns, Stan J. J. et al.. (2011-06-21). «Interference by clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR) RNA is governed by a seed sequence» Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 108 (25): 10098–10103.  doi:10.1073/pnas.1104144108. ISSN 1091-6490. PMID 21646539. PMC 3121866. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  43. ↑ Gudbergsdottir, Soley; Deng, Ling; Chen, Zhengjun; Jensen, Jaide V. K.; Jensen, Linda R.; She, Qunxin; Garrett, Roger A.. (2011-01). «Dynamic properties of the Sulfolobus CRISPR/Cas and CRISPR/Cmr systems when challenged with vector-borne viral and plasmid genes and protospacers» Molecular Microbiology 79 (1): 35–49.  doi:10.1111/j.1365-2958.2010.07452.x. ISSN 1365-2958. PMID 21166892. PMC 3025118. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  44. ↑ Manica, Andrea; Zebec, Ziga; Teichmann, Daniela; Schleper, Christa. (2011-04). «In vivo activity of CRISPR-mediated virus defence in a hyperthermophilic archaeon» Molecular Microbiology 80 (2): 481–491.  doi:10.1111/j.1365-2958.2011.07586.x. ISSN 1365-2958. PMID 21385233. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  45. ↑ Jore, Matthijs M.; Lundgren, Magnus; van Duijn, Esther; Bultema, Jelle B.; Westra, Edze R.; Waghmare, Sakharam P.; Wiedenheft, Blake; Pul, Umit et al.. (2011-05). «Structural basis for CRISPR RNA-guided DNA recognition by Cascade» Nature Structural & Molecular Biology 18 (5): 529–536.  doi:10.1038/nsmb.2019. ISSN 1545-9985. PMID 21460843. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  46. ↑ Wiedenheft, Blake; Lander, Gabriel C.; Zhou, Kaihong; Jore, Matthijs M.; Brouns, Stan J. J.; van der Oost, John; Doudna, Jennifer A.; Nogales, Eva. (2011-09-21). «Structures of the RNA-guided surveillance complex from a bacterial immune system» Nature 477 (7365): 486–489.  doi:10.1038/nature10402. ISSN 1476-4687. PMID 21938068. PMC 4165517. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  47. ↑ Zhang, Jing; Rouillon, Christophe; Kerou, Melina; Reeks, Judith; Brugger, Kim; Graham, Shirley; Reimann, Julia; Cannone, Giuseppe et al.. (2012-02-10). «Structure and mechanism of the CMR complex for CRISPR-mediated antiviral immunity» Molecular Cell 45 (3): 303–313.  doi:10.1016/j.molcel.2011.12.013. ISSN 1097-4164. PMID 22227115. PMC 3381847. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  48. ↑ a b (Ingelesez) Hale, Caryn R.; Zhao, Peng; Olson, Sara; Duff, Michael O.; Graveley, Brenton R.; Wells, Lance; Terns, Rebecca M.; Terns, Michael P.. (2009-11). «RNA-Guided RNA Cleavage by a CRISPR RNA-Cas Protein Complex» Cell 139 (5): 945–956.  doi:10.1016/j.cell.2009.07.040. PMID 19945378. PMC PMC2951265. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  49. ↑ (Ingelesez) Deng, Ling; Garrett, Roger A.; Shah, Shiraz A.; Peng, Xu; She, Qunxin. (2013-03). «A novel interference mechanism by a type IIIB CRISPR-Cmr module in Sulfolobus: Novel CRISPR type IIIB interference» Molecular Microbiology 87 (5): 1088–1099.  doi:10.1111/mmi.12152. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  50. ↑ a b c (Ingelesez) Marraffini, Luciano A.; Sontheimer, Erik J.. (2010-01). «Self versus non-self discrimination during CRISPR RNA-directed immunity» Nature 463 (7280): 568–571.  doi:10.1038/nature08703. ISSN 0028-0836. PMID 20072129. PMC PMC2813891. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  51. ↑ (Ingelesez) Touchon, Marie; Rocha, Eduardo P. C.. (2010-06-15). Randau, Lennart ed. «The Small, Slow and Specialized CRISPR and Anti-CRISPR of Escherichia and Salmonella» PLoS ONE 5 (6): e11126.  doi:10.1371/journal.pone.0011126. ISSN 1932-6203. PMID 20559554. PMC PMC2886076. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  52. ↑ a b (Ingelesez) Rho, Mina; Wu, Yu-Wei; Tang, Haixu; Doak, Thomas G.; Ye, Yuzhen. (2012-06-13). Guttman, David S. ed. «Diverse CRISPRs Evolving in Human Microbiomes» PLoS Genetics 8 (6): e1002441.  doi:10.1371/journal.pgen.1002441. ISSN 1553-7404. PMID 22719260. PMC PMC3374615. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  53. ↑ a b (Ingelesez) Sun, Christine L.; Barrangou, Rodolphe; Thomas, Brian C.; Horvath, Philippe; Fremaux, Christophe; Banfield, Jillian F.. (2013-02). «Phage mutations in response to CRISPR diversification in a bacterial population: Strong selection events as host-phage populations establish» Environmental Microbiology 15 (2): 463–470.  doi:10.1111/j.1462-2920.2012.02879.x. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  54. ↑ (Ingelesez) Kuno, Sotaro; Sako, Yoshihiko; Yoshida, Takashi. (2014-05-01). «Diversification of CRISPR within coexisting genotypes in a natural population of the bloom-forming cyanobacterium Microcystis aeruginosa» Microbiology 160 (5): 903–916.  doi:10.1099/mic.0.073494-0. ISSN 1350-0872. (Noiz kontsultatua: 2021-10-31).
  55. ↑ a b c d Pennisi, Elizabeth. (2013-08-23). «The CRISPR Craze» Science 341 (6148): 833–836.  doi:10.1126/science.341.6148.833. ISSN 0036-8075. (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).
  56. ↑ (Ingelesez) Novick, Richard P.; Christie, Gail E.; Penadés, Jose R.. (2010-08). «The phage-related chromosomal islands of Gram-positive bacteria» Nature Reviews Microbiology 8 (8): 541–551.  doi:10.1038/nrmicro2393. ISSN 1740-1526. PMID 20634809. PMC PMC3522866. (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).
  57. ↑ (Ingelesez) Seed, Kimberley D.; Lazinski, David W.; Calderwood, Stephen B.; Camilli, Andrew. (2013-02). «A bacteriophage encodes its own CRISPR/Cas adaptive response to evade host innate immunity» Nature 494 (7438): 489–491.  doi:10.1038/nature11927. ISSN 0028-0836. PMID 23446421. PMC PMC3587790. (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).
  58. ↑ (Ingelesez) Hale, Caryn R.; Majumdar, Sonali; Elmore, Joshua; Pfister, Neil; Compton, Mark; Olson, Sara; Resch, Alissa M.; Glover, Claiborne V.C. et al.. (2012-02). «Essential Features and Rational Design of CRISPR RNAs that Function with the Cas RAMP Module Complex to Cleave RNAs» Molecular Cell 45 (3): 292–302.  doi:10.1016/j.molcel.2011.10.023. PMID 22227116. PMC PMC3278580. (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).
  59. ↑ (Ingelesez) Sorek, Rotem; Kunin, Victor; Hugenholtz, Philip. (2008-03). «CRISPR — a widespread system that provides acquired resistance against phages in bacteria and archaea» Nature Reviews Microbiology 6 (3): 181–186.  doi:10.1038/nrmicro1793. ISSN 1740-1526. (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).
  60. ↑ (Ingelesez) Jinek, Martin; Chylinski, Krzysztof; Fonfara, Ines; Hauer, Michael; Doudna, Jennifer A.; Charpentier, Emmanuelle. (2012-08-17). «A Programmable Dual-RNA–Guided DNA Endonuclease in Adaptive Bacterial Immunity» Science 337 (6096): 816–821.  doi:10.1126/science.1225829. ISSN 0036-8075. PMID 22745249. PMC PMC6286148. (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).
  61. ↑ (Ingelesez) Wang, Haoyi; Yang, Hui; Shivalila, Chikdu S.; Dawlaty, Meelad M.; Cheng, Albert W.; Zhang, Feng; Jaenisch, Rudolf. (2013-05). «One-Step Generation of Mice Carrying Mutations in Multiple Genes by CRISPR/Cas-Mediated Genome Engineering» Cell 153 (4): 910–918.  doi:10.1016/j.cell.2013.04.025. PMID 23643243. PMC PMC3969854. (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).
  62. ↑ (Ingelesez) Cong, L.; Ran, F. A.; Cox, D.; Lin, S.; Barretto, R.; Habib, N.; Hsu, P. D.; Wu, X. et al.. (2013-02-15). «Multiplex Genome Engineering Using CRISPR/Cas Systems» Science 339 (6121): 819–823.  doi:10.1126/science.1231143. ISSN 0036-8075. PMID 23287718. PMC PMC3795411. (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).
  63. ↑ (Ingelesez) Mali, P.; Yang, L.; Esvelt, K. M.; Aach, J.; Guell, M.; DiCarlo, J. E.; Norville, J. E.; Church, G. M.. (2013-02-15). «RNA-Guided Human Genome Engineering via Cas9» Science 339 (6121): 823–826.  doi:10.1126/science.1232033. ISSN 0036-8075. PMID 23287722. PMC PMC3712628. (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).
  64. ↑ (Ingelesez) Hou, Z.; Zhang, Y.; Propson, N. E.; Howden, S. E.; Chu, L.-F.; Sontheimer, E. J.; Thomson, J. A.. (2013-09-24). «Efficient genome engineering in human pluripotent stem cells using Cas9 from Neisseria meningitidis» Proceedings of the National Academy of Sciences 110 (39): 15644–15649.  doi:10.1073/pnas.1313587110. ISSN 0027-8424. PMID 23940360. PMC PMC3785731. (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).[Betiko hautsitako esteka]
  65. ↑ (Ingelesez) «Genome Surgery» MIT Technology Review (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).
  66. ↑ (Ingelesez) Xie, Fei; Ye, Lin; Chang, Judy C.; Beyer, Ashley I.; Wang, Jiaming; Muench, Marcus O.; Kan, Yuet Wai. (2014-09). «Seamless gene correction of β-thalassemia mutations in patient-specific iPSCs using CRISPR/Cas9 and piggyBac» Genome Research 24 (9): 1526–1533.  doi:10.1101/gr.173427.114. ISSN 1088-9051. PMID 25096406. PMC PMC4158758. (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).
  67. ↑ (Ingelesez) «CRISPR Therapeutics and Vertex Announce New Clinical Data for Investigational Gene-Editing Therapy CTX001™ in Severe Hemoglobinopathies at the 25th Annual European Hematology Association (EHA) Congress | CRISPR Therapeutics» crisprtx.gcs-web.com (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).
  68. ↑ (Ingelesez) Silva, Joana Cavaco. CTX001 for Treatment of Sickle Cell Disease and Other Blood Disorders. (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).
  69. ↑ (Ingelesez) «Chinese Researchers Stop Wheat Disease with Gene Editing» MIT Technology Review (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).
  70. ↑ (Ingelesez) Wang, Yanpeng; Cheng, Xi; Shan, Qiwei; Zhang, Yi; Liu, Jinxing; Gao, Caixia; Qiu, Jin-Long. (2014-09). «Simultaneous editing of three homoeoalleles in hexaploid bread wheat confers heritable resistance to powdery mildew» Nature Biotechnology 32 (9): 947–951.  doi:10.1038/nbt.2969. ISSN 1087-0156. (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).
  71. ↑ (Ingelesez) Chang, Jiasong; Wang, Ruolin; Yu, Kai; Zhang, Tong; Chen, Xiaoxu; Liu, Yue; Shi, Run; Wang, Xiaogang et al.. (2020-05). «Genome-wide CRISPR screening reveals genes essential for cell viability and resistance to abiotic and biotic stresses in Bombyx mori» Genome Research 30 (5): 757–767.  doi:10.1101/gr.249045.119. ISSN 1088-9051. PMID 32424075. PMC PMC7263191. (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).
  72. ↑ (Ingelesez) The ENCODE Project Consortium. (2012-09). «An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome» Nature 489 (7414): 57–74.  doi:10.1038/nature11247. ISSN 0028-0836. PMID 22955616. PMC PMC3439153. (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).
  73. ↑ (Ingelesez) Melnikov, Alexandre; Murugan, Anand; Zhang, Xiaolan; Tesileanu, Tiberiu; Wang, Li; Rogov, Peter; Feizi, Soheil; Gnirke, Andreas et al.. (2012-03). «Systematic dissection and optimization of inducible enhancers in human cells using a massively parallel reporter assay» Nature Biotechnology 30 (3): 271–277.  doi:10.1038/nbt.2137. ISSN 1087-0156. PMID 22371084. PMC PMC3297981. (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).
  74. ↑ (Ingelesez) «Targeting the Noncoding Genome with CRISPR» The Scientist Magazine® (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).
  75. ↑ (Ingelesez) Sanjana, Neville E.; Wright, Jason; Zheng, Kaijie; Shalem, Ophir; Fontanillas, Pierre; Joung, Julia; Cheng, Christine; Regev, Aviv et al.. (2016-09-30). «High-resolution interrogation of functional elements in the noncoding genome» Science 353 (6307): 1545–1549.  doi:10.1126/science.aaf7613. ISSN 0036-8075. PMID 27708104. PMC PMC5144102. (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).
  76. ↑ «BRAF V600E - My Cancer Genome» www.mycancergenome.org (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).
  77. ↑ (Ingelesez) Akbani, Rehan; Akdemir, Kadir C.; Aksoy, B. Arman; Albert, Monique; Ally, Adrian; Amin, Samirkumar B.; Arachchi, Harindra; Arora, Arshi et al.. (2015-06). «Genomic Classification of Cutaneous Melanoma» Cell 161 (7): 1681–1696.  doi:10.1016/j.cell.2015.05.044. PMID 26091043. PMC PMC4580370. (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).
  78. ↑ (Ingelesez) Sosman, Jeffrey A.; Kim, Kevin B.; Schuchter, Lynn; Gonzalez, Rene; Pavlick, Anna C.; Weber, Jeffrey S.; McArthur, Grant A.; Hutson, Thomas E. et al.. (2012-02-23). «Survival in BRAF V600–Mutant Advanced Melanoma Treated with Vemurafenib» New England Journal of Medicine 366 (8): 707–714.  doi:10.1056/NEJMoa1112302. ISSN 0028-4793. PMID 22356324. PMC PMC3724515. (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).
  79. ↑ (Ingelesez) Zubrilov, Inna; Sagi-Assif, Orit; Izraely, Sivan; Meshel, Tsipi; Ben-Menahem, Shlomit; Ginat, Ravit; Pasmanik-Chor, Metsada; Nahmias, Clara et al.. (2015-05). «Vemurafenib resistance selects for highly malignant brain and lung-metastasizing melanoma cells» Cancer Letters 361 (1): 86–96.  doi:10.1016/j.canlet.2015.02.041. (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).
  80. ↑ (Ingelesez) Shalem, Ophir; Sanjana, Neville E.; Hartenian, Ella; Shi, Xi; Scott, David A.; Mikkelsen, Tarjei S.; Heckl, Dirk; Ebert, Benjamin L. et al.. (2014-01-03). «Genome-Scale CRISPR-Cas9 Knockout Screening in Human Cells» Science 343 (6166): 84–87.  doi:10.1126/science.1247005. ISSN 0036-8075. PMID 24336571. PMC PMC4089965. (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).
  81. ↑ (Gaztelaniaz) «Las serias advertencias de unos científicos sobre los peligros de la técnica que revolucionó la genética» BBC News Mundo (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).
  82. ↑ Gariépy, J. F.. (2018). The revolutionary phenotype : the amazing story of how life begins and how it ends. ISBN 978-1-7298-6156-1. PMC 1091903547. (Noiz kontsultatua: 2021-10-30).

Kanpo estekak

[aldatu | aldatu iturburu kodea]
Gai honi buruzko informazio gehiago lor dezakezu Scholian
"https://eu.wikipedia.org/w/index.php?title=CRISPR&oldid=9073404"(e)tik eskuratuta