Juan Schiaffino föddes och växte upp i Uruguays huvudstad Montevideo. Hans far var italienare och modern paraguayan. Han hade en stor passion för fotboll och började spela för Palermo och Olimpia, innan han fick spela för Nacional. Det var dock en kort visit innan han, 17 år gammal, debuterade för rivalerna Peñarol. Efter två år och fem ligavinster blev han uttagen till landslaget, i en landskamp mot Brasilien den 10 januari 1946.
Schiaffino slog igenom internationellt i fotbolls-VM 1950 då han ledde Uruguay till landets andra VM-guld. Med 5 mål placerade han sig på andra plats i turneringens skytteliga för det året. Det sista och absolut viktigaste av målen var kvitteringen i slutmatchen mot Brasilien. Turneringen spelade som ett gruppspel där det laget med flest poäng vann guldet. Det räckte för Brasilien att spela lika för att vinna guldet, och när man hade gjort 1–0 i 47:e minuten såg det mörkt ut för Uruguay då man behövde göra 2 mål. Schiaffino klev fram och gjorde ett mål i 66:e minuten och Alcides Ghiggia gjorde det andra målet i 79:e minuten. Uruguay vann till slut med siffrorna 2–1 på den gigantiska Maracanãstadion i Brasiliens dåvarande huvudstad Rio de Janeiro.
Fyra år senare skulle guldet försvaras, denna gång nådde laget "endast" semifinal där det blev förlust (2–4) mot Ungern. Schiffino visade sig dock återigen vara en av turneringens bästa spelare vilket gjorde att Milan betalade 72 000 pund (värde 1 510 000 pund, år 2008) för att köpa honom. Han blev italiensk medborgare och spelade för det italienska landslaget mellan 1954 och 1958.
Efter avslutad karriär på planen blev Schiaffino tränare för både Peñarol och Uruguays landslag.
Montevideo, Uruguay
Serie A (ligasegrare): 3 (1955, 1957, 1959)
Bolivia 
Tjeckoslovakien 
England 
Argentina 
Portugal 
