國家理論科學研究中心
國家理論科學研究中心 ( National Center for Theoretical Sciences, NCTS )於1997年在包括楊振寧、丘成桐...等多位優秀學者背書下，由國科會設立，設址在新竹市的國立清華大學綜合三館四樓。主旨在於提升理論科學的研究，主要劃分為數學組及理論物理組。
2004年在臺北市國立台灣大學設立北區中心，整合中央研究院與國立台灣大學等北區學術單位重鎮研究資源；在臺南市的國立成功大學設立南區中心，整合國立成功大學與國立中山大學等台灣南部學術資源。
數學組
自 2015年一月一日起，數學組行政工作集中至台北市國立台灣大學天文數學大樓二樓。
物理組
在物理組的統籌下，設有十二個重點研究小組，畫分為三個類別：生物物理、粒子物理、凝態物理。各小組定期舉行小型的非正式討論與正式的學術會議。並針對學生、博士後研究、新進研究人員等或資深研究人員等對象，舉辦短期學校或會議。
另外為提升國際上的學術交流，舉辦國際性學術會議。並邀請國內外訪問學者參與重點小組的學術活動。
目前由李靈峰教授擔任主任，負責監督與管理物理組的運作。自 2015年一月一日起，物理組行政工作集中至新竹市國立清華大學。