Orten omnämns 1375 för första gången i en urkund som fiskeläge. Först i början av 1900-talet, när flera av Berlins industrier flyttade till stadsgränsen, ökade ortens betydelse.
Den 17 juni 1953 deltog 5 000 av samhällets arbetare i upproret mot den östtyska statsmakten. På grund av Berlinmurens byggande blev orten avskuren från Berlins pendeltågsnät. 1962 fick Hennigsdorf den officiella beteckningen stad.
Cykel- och vandringsleden Berliner Mauerweg, som följer den tidigare sträckningen för Berlinmuren, passerar Hennigsdorf.
^Alle politisch selbständigen Gemeinden mit ausgewählten Merkmalen am 31.12.2022, Statistisches Bundesamt, 21 september 2023, läs online, läst: 7 oktober 2023.[källa från Wikidata]