Fu fondato il 30 maggio 1923 dalla fusione del Šk Čechie e del ČšŠk che formarono questa nuova compagine, il TSS Trnava. Dopo la presa al potere del comunismo rimase affiliata all'industria metallurgica e cambiò denominazione in TJ Kovosmalt ("Metal-enamel"). Nel 1952, il club ha assunto la sua denominazione attuale di Spartak Trnava.
Gli anni d'oro dello Spartak cominciarono nella stagione 1966/67, allorché, guidati dall'allenatore Anton Malatinský, la squadra comandò a lungo la classifica ma in seguito a un calo di rendimento terminò il campionato solo al terzo posto. Nella stessa stagione, in Mitropa Cup, lo Spartak eliminò squadre del calibro di Budapest Honvéd FC, Lazio e ACF Fiorentina, vincendo poi il torneo battendo in finale gli ungheresi dell'Újpest FC. Dopo aver vinto per la prima volta il titolo di Campioni di Cecoslovacchia nella stagione 1967-68, nella stagione successiva lo Spartak raggiunse le semifinali di Coppa dei Campioni dove fu eliminato dall'Ajax Amsterdam. Sotto la conduzione dell'allenatore Ján Hucko, la squadra vinse anche il suo secondo campionato (1968-69), mentre nelle stagioni 1970/71 e 1971/72 il Trnava vinse il terzo e quarto campionato cecoslovacco (oltre a una Coppa di Cecoslovacchia nel 1971) sotto la guida degli allenatori Valér Švec e Anton Malatinský. In ambito europeo, il club raggiunse i quarti di finale della Coppa dei Campioni nel 1973 e nel 1974. Dopo aver vinto il suo quinto titolo di Campione di Cecoslovacchia nella stagione 1972/73, cominciò per lo Spartak un declino di risultati durante il quale vinse solo due Coppe di Cecoslovacchia, nel 1974-75 e nel 1985-86.
Dopo l'indipendenza della Slovacchia dalla Cecoslovacchia, lo Spartak, che aveva terminato l'ultima edizione (1992/93) del campionato cecoslovacco unificato alla 16ª e ultima posizione in classifica, si riprese, iniziando ad ottenere buoni piazzamenti in classifica, come un terzo posto nella stagione 1995/96, prima di sfiorare il titolo di Campioni di Slovacchia nella stagione 1996/97: sotto la guida di Karol Pecze, la squadra sfiorò il titolo perdendolo all'ultima giornata a causa di un inopinato passo falso che permise al Košice di vincerlo. Nella stagione successiva, sotto il nuovo allenatore Dušan Galis, la squadra ottenne un secondo posto (e vinse Coppa e Supercoppa di Slovacchia), mentre nella stagione 1998/99 si classificò terza.
Il club vince il campionato slovacco nella stagione 2017-2018 e con questo piazzamento prende parte ai preliminari della UEFA Champions League 2018-2019. Al primo turno la compagine slovacca elimina i bosniaci dello Zrinjski di Mostar; al secondo riesce a battere i polacchi del Legia Varsavia vincendo 2-0 in terra polacca (nella sfida di ritorno è il Legia che si impone per 1-0, ma non basta per rovinare la festa degli slovacchi), mentre al terzo turno pareggia per 1-1 a Belgrado contro la Stella Rossa per poi ripetere lo stesso risultato al ritorno tra le mura amiche; nei supplementari, però, sono i serbi a passare in vantaggio e la sfida termina 2-1 per gli ospiti (lo Spartak Trnava sbaglia pure un rigore al 120º minuto). La squadra slovacca accede quindi ai play-off della UEFA Europa League 2018-2019 dove incontra gli sloveni dell’Olimpija Ljubljana; lo Spartak Trnava ipoteca la qualificazione già all’andata con un 2-0 in Slovenia. La squadra slovacca giunge così alla fase a gironi dell’Europa League e viene inserita nel girone D con Fenerbahçe, Anderlecht e Dinamo Zagabria. All’esordio il club trova una vittoria per 1-0 contro i belgi e, dopo aver pareggiato nuovamente contro di essi (0-0 in Belgio), il Trnava vince, sempre per 1-0, anche contro i turchi (già sicuri, però, del secondo posto). Gli slovacchi chiudono, di conseguenza, al terzo posto con 7 punti.
Rosso, nero
Slovacchia
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