Sākotnējā Baikonura bija raktuvju pilsēta vairākus simtus kilometru uz ziemeļaustrumiem, pie Žezkazganas Kazahstānas Karaghandi apgabalā. Kosmodroma starta vietai šis nosaukums tika piešķirts, lai radītu neskaidrības un saglabātu atrašanās vietu slepenu. Pilsēta tika izvēlēta ar nolūku, jo nesējraķešu, kuras nogādāja kosmosā daudzus Padomju pavadoņus, ieskaitot Sputņik-1, trajektorija šķērsoja tās apkārtni. Nosaukums Baikonura kazahu valoda nozīmē "bagātīgi brūns", t.i. "auglīga zeme ar bagātīgu augāju". Pie pilsētas esošā dzelzceļa stacija saglabāja savu iepriekšējo nosaukumu — Tjuratama.