Mūsdienu Brunavas pagasta teritorijā vēsturiski atradās Budbergas muiža (Murowany Poniemun, Budberga), Grenctāles muiža (Gut Grenztal, Granctāles pienotava), Sarkanpaņemunes muiža (Gut Rot-Ponemun, Ērgļi), Stilķenes muiža (Gut Schtilchen), Zluktenes muiža (Zluktyn).
Līdz 1921. gadam pagasta teritorija atradās Lietuvā (bijušajā Kauņas guberņā) un bija viena no tām pārsvarā latviešu apdzīvotajām teritorijām, ko Latvija saņēma no Lietuvas kopā ar Aknīsti un Ukru pagastu apmaiņā pret Palangu un Sventāju. Līdz 1925. gadam saucās par Budbergas pagastu, pēc 1925. gada - Panemūnes pagasts. 1935. gadā Bauskas apriņķa Panemūnes pagasta teritorija bija 108,39 km² un tajā dzīvoja 3006 iedzīvotāji, no kuriem 90,4% bija latvieši.[4] 1945. gadā pagastā izveidoja Brunavas, Jodavas, Panemunes un Tervidānuciema padomes, bet pagastu 1949. gadā likvidēja. Bauskas rajonaBrunavas ciemam 1954. gadā pievienoja likvidēto Tervidānu ciemu, 1961. gadā - likvidēto Panemunes ciemu.[5] 1990. gadā ciemu reorganizēja par pagastu. 2009. gadā Brunavas pagastu kā administratīvo teritoriju iekļāva Bauskas novadā.