De Bundesliga 1999/00 was het 37ste seizoen in de historie van de Bundesliga, Duitslands hoogste voetbalniveau. Het was het 91ste seizoen dat er om het (West-)Duits landskampioenschap gestreden werd. Het seizoen begon op vrijdag 13 augustus1999 en eindigde op zaterdag 20 mei2000.
FC Bayern München won voor het tweede jaar op rij en voor de vijftiende keer in totaal de Bundesliga. Bayer Leverkusen werd net zoals het vorige seizoen tweede, alleen dit keer niet met vijftien punten achterstand maar op doelsaldo.
Op de dertigste speeldag nam Leverkusen de leiding in het klassement en op de voorlaatste speeldag had de club drie punten voorsprong op Bayern. "De eerste plaats geven we niet meer uit handen. Maar we moeten geconcentreerd toewerken naar de slotwedstrijd en ons niet gek laten maken. We hebben keihard geknokt om dit te bereiken en nou moeten we het niet verpesten."
Deze woorden van Bayer Leverkusen-trainer Christoph Daum stonden op 15 mei2000 in het sportkatern van dagblad Trouw. Daums adviezen bleken echter aan dovemansoren te zijn gericht. Leverkusen verloor op de laatste speeldag met 2-0 van Unterhaching door treffers van Michael Ballack (eigen doelpunt) en Markus Oberleitner. Door die verrassende nederlaag wist Bayern München de kloof van drie punten alsnog te dichten. Op basis van een beter doelsaldo (+45 om +38) werd de ploeg uit Beieren kampioen. Voor de derde keer in vier seizoenen moest Leverkusen genoegen nemen met de tweede plaats[1].
In de 306 gespeelde duels werd in totaal 885 keer gescoord, goed voor een gemiddelde van 2,89 doelpunt per wedstrijd. Dat was een lichte verbetering ten opzichte van het vorig seizoen, toen het moyenne uitkwam op 2,83 goal per wedstrijd. Topscorer werd Martin Max van TSV 1860 München met 19 treffers, gemaakt in 32 duels.
Bijgaand een overzicht van de spelers van FC Bayern München, die in het seizoen 1999/00 onder leiding van coach Ottmar Hitzfeld voor de zestiende keer in de clubgeschiedenis kampioen van Duitsland werden en zo de titel prolongeerden.