La Copa Intertoto 1969 fue la novena edición de este torneo de fútbol a nivel de clubes de Europa, en el cual participaron de 36 equipos, 14 menos que en la edición anterior.
No hubo un campeón definido, pero el Jednota Trenčín de Checoslovaquia fue el club con mejor rendimiento en esta edición.
Fue la primera edición en que los grupos no estuvieran distribuidos geográficamente.