Vendar pa je dirka je postala žrtev lastnega uspeha, preplavljena s škandali. Med samo dirko je bilo izključenih devet kolesarjev zaradi nezakonite uporabe avtomobilov ali vlakov. Preiskovalni odbor Francoske kolesarske zveze (UVF) je ob zaslišanju več tekmovalcev in gledalcev - prič v decembru 1904 diskvalificiral vse etapne zmagovalce kot tudi prve štiri uvrščene (Maurice Garin, Lucien Pothier, César Garin, and Hippolyte Aucouturier). Peto uvrščeni Henri Cornet je tako v starosti 20 let postal najmlajši zmagovalec Toura. Deset diskvalificiranih kolesarjev je dobilo prepoved nastopanja za eno leto, Garin dve, medtem ko sta dva kolesarja dobila dosmrtno prepoved nastopanja.
Ekipno zmago je doseglo kolesarsko moštvo La Française.
Michel Frédérick
Antoine Fauré
Emile Lombard
