Paciência werd zeven keer landskampioen met FC Porto. Daarbij werd hij in het seizoen 1995/96 met 25 goals ook topscorer van de Primeira Liga, nadat hij in 1990/91 (24 goals) en 1994/95 (19 goals) op de tweede plaats van dat klassement eindigde. Hij werd in 1990 uitgeroepen tot Portugees voetballer van het jaar.
Paciência debuteerde op 29 maart 1989 in het Portugees voetbalelftal, in een met 6–0 gewonnen oefeninterland tegen Angola. Hij was actief voor Portugal op één eindtoernooi, het EK 1996. Hij maakte op dat toernooi één doelpunt, de 0–3 in een met diezelfde cijfers gewonnen groepswedstrijd tegen Kroatië.
Paciência stopte in 2001 met voetballen en werd jeugdtrainer bij FC Porto. Hij ging in 2006 voor het eerst aan de slag als hoofdcoach, bij União Leiria. Paciência bereikte in het seizoen 2010/11 met SC Braga de finale van de Europa League.