S'estén de les illes Kurils a les illes Bonin i té una profunditat d'uns 8.412 metres en el punt més profund.[1] És una extensió de la fossa de Kuril-Kamtxatka (al nord) i la fossa d'Izu-Ogasawara (cap al sud) amb una longitud de 800 km[1] Aquesta fossa es crea quan la placa pacífica subdueix per sota la Placa d'Okhotsk. El procés de subducció provoca la flexió de la placa descendent, i la creació d'una fossa d'aigües profundes. El moviment sísmic continu de la zona de subducció associada a la fossa del Japó és una de les principals causes dels tsunamis i els terratrèmols al nord del Japó, incloent el terratrèmol i tsunami de Sendai que es va produir l'11 de març de 2011.[2]
