Byn Rikala i Halikko utvecklade sig till en viktig handels- och mötesplats och även vikingar seglade dit för att handla med finnar. Namnet Halikko nämns första gången år 1313. Under svenska tiden föll den lokala makten till nygrundade herrgårdar, Åminne gård, Wiurila och Vuorentaka. Hornätten var storadel i Halikko. Senare tog släkten Armfelt över. En herrgårdsliknande byggnad står på Piintilä hemman.[1]
Kommunen Halikko grundades år 1866 enligt kommunalförordningen. År 1916 grundades kommunen Angelniemi av södra delar av Halikko. Angelniemi sammanslogs med Halikko år 1967. År 1932 överfördes delar av Halikko till köpingen Salo och slutligen sammanslogs år 2009 Halikko med Salo.
Några av Halikkos museer hör till Salos historiska museum Samu: Halikko museum, Kreivinmäki kvarnbacke och Trömperi gästgiveri.