Hargeisa atrodas ielejā valsts rietumu daļā. Pilsēta atrodas kalnainā reģionā, slēgtā ielejā Galgodonas augstienē 1334 metru augstumā virs jūras līmeņa. Šis augstums dod Hargeisai un tās apkārtnei maigāku klimatu nekā Adenas līča piekrastes zonai, kura ir viena no karstākajām vietām uz zemes. Hargeisā ir sastopams klimats ar salīdzinoši mazām temperatūras atšķirībām. Temperatūra svārstās starp 13 un 32 grādiem pēc Celsija.
Hargeisas apkārtnē lietus ir novērojams biežāk nekā pārējā valsts teritorijā. Kad pilsēta bija mazāka, tai apkārt bija lieli meži, bet pašlaik starp lielajām lauksaimniecībām joprojām atrodas nelieli kadiķu meži.