Makronukleus
1 – kontraktilna vakuola,
2 – hranljiva vakuola,
3 – makronukleus,
4 – mikronukleus,
5 – citoprokt,
6 – citofarinks,
7 – citostom,
8 – treplja.
Makronuleus (nekada također znani i kao meganukleus) je veći tip ćelijskog jedra u cilijata. Makronukleusi su poliploidni i prolaze kroz direktne podjele bez mitoze. Kontrolira sve ne-reproduktivne funkcije ćelije, kao što je metabolizam. Na osnovi toga se oznaćava i kao vegetativno jedro, za razliku od generativnog jedra (mikronukleus), čija je, kako se misli, jedina funkcija u procesu razmnožavanja. Tokom konjugacije, makronukleus se raspada, a novi se formira kariogamijom od mikronukleusa.
Makronukleus sadrži na stotine hromosoma, svakog u mnogo primjeraka. Nedostaje mu mehanizam za precizno podjednaku podjelu genomskog kompleksa tokom podjele jedra, a nepoznato je kako ćelije uspjeva održati uravnotežen genom i nakon mnogo generacija podjela.