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Matej Zahálka pratique le triathlon avec succès durant sa jeunesse avant de passer au cyclisme[1],[2].
En 2011, il termine troisième notamment d'une étape de la Course de la Paix juniors (moins de 19 ans). Deux ans plus tard, il intègre l'équipe continentale tchèque Experiment 23 en 2013, lors de sa deuxième année espoirs (moins de 23 ans). Il rejoint ensuite la formation SKC Tufo Prostějov en 2014.