Mohamed Shawky startade sin karriär i El-Masry innan han blev köpt av storklubben Al-Ahly 2003. Där vann han ligan tre gånger och cupen två gånger. Det kröntes med två segrar i CAF Champions League 2005 och 2006.
31 augusti 2007 köptes han av Middlesbrough för 650,000 pund och signerade ett 3-årskontrakt.[2] Hans debut kom i ligacupens tredje omgång mot Tottenham Hotspur. Shawky hade stora skadebekymmer och spelade bara 18 ligamatcher innan han såldes till Kayserispor i januari 2010.[3] Efter bara sex månader återvände Shawky till sin gamla klubb Al-Ahly där han återigen fick vinna Egyptiska Premier League.