PDBsum
| Kontent | |
|---|---|
| Opis | Pregled struktura sadržanih u Proteinskoj banci podataka |
| Tipovi podataka | Protein structures |
| Organizam | all |
| Kontakt | |
| Istraživački centar | EBI |
| Autori | Roman Laskovski |
| Primarna citacija | PMID 9433130 |
| Pristup | |
| Veb stranica | PDBsumn |
| Alati | |
| Razno | |
| Obeležavajuća etiketa | yes |
PDBsum je baza podataka koja daje pregled sadržaja svih 3D makromolekulskih struktura deponovanih u Proteinskoj banci podataka.[1][2][3][4]
Svaka struktura u PDBsum bazi podataka uključuje sliku strukture, molekulske komponente sadržane u kompleksu, reakcioni dijagram enzima (po potrebi), ontologiju gena funkcionalne anotacije, Pfam anotaciju 1D sekvence i InterPro klasifikaciju domena, opis vezanih molekula, grafik koji prikazuje interakcije između proteina i sekundarne strukture, šematske dijagrame protein-protein interakcija, analizu otvora prisutnih unutar strukture i veze ka spoljašnjim bazama podataka.
- ↑ Laskowski RA, Hutchinson EG, Michie AD, Wallace AC, Jones ML, Thornton JM (December 1997). „PDBsum: a Web-based database of summaries and analyses of all PDB structures”. Trends Biochem. Sci. 22 (12): 488–90. PMID 9433130.
- ↑ Laskowski RA (January 2001). „PDBsum: summaries and analyses of PDB structures”. Nucleic Acids Res. 29 (1): 221–2. DOI:10.1093/nar/29.1.221. PMC 29784. PMID 11125097.
- ↑ Laskowski RA, Chistyakov VV, Thornton JM (January 2005). „PDBsum more: new summaries and analyses of the known 3D structures of proteins and nucleic acids”. Nucleic Acids Res. 33 (Database issue): D266–8. DOI:10.1093/nar/gki001. PMC 539955. PMID 15608193.
- ↑ Laskowski RA (January 2009). „PDBsum new things”. Nucleic Acids Res. 37 (Database issue): D355–9. DOI:10.1093/nar/gkn860. PMC 2686501. PMID 18996896.
- Laskowski RA, Thornton JM. „PDBsum home page”. European Bioinformatics Institute.