Pelabuhan ini merupakan pelabuhan tertua ketiga di Madura, setelah Pelabuhan Kertasada dan Pelabuhan Kamal. Pelabuhan ini dibangun pada masa pendudukan Belanda. Pada awalnya, pelabuhan ini difungsikan untuk mengangkut penumpang dan berbagai komoditas hasil bumi dari Pulau Madura, khususnya garam. Saat ini, Pelabuhan Kalianget juga digunakan sebagai sarana transportasi ke pulau yang ada di timur Sumenep dan sebagian Pulau Jawa.
Pelabuhan ini dibagi menjadi tiga sisi, yakni sisi selatan, tengah, dan utara. Sisi selatan dikelola oleh Pelindo untuk melayani keberangkatan dan kedatangan penumpang. Sedangkan sisi tengah dikelola oleh PT Garam untuk menyimpan dan mengirim garam. Sementara sisi utara dikelola oleh Pelindo untuk melayani keberangkatan dan kedatangan barang.[1] Sisi tengah rencananya akan diserahkan ke TNI Angkatan Laut untuk digunakan sebagai pangkalan.
Aimere · Bakalang · Bangsal · Baranusa · Benete ·Bolok · Borong ·Deri · Ende ·Gili Mas ·Gilimanuk · Hansisi · Kalabahi · Kayangan · Kewapante · Labuan Bajo ·Lembar · Lembata · Lewoleba · Lohayong · Marapokot · Maumere · Naikliu · Ndao · Padangbai · Palue · Pantai Baru · Pomana Besar · Pototano · Pulau Rinca · Raijua · Sampalan · Sanur · Sape · Seba · Teluk Gurita · Waibalun · Waikelo · Waingapu
Kalimantan
Ancam ·Bahaur ·Bardan · Batulicin · Bintang Harapan Desa · Ceremai ·Juata Laut ·Kariangau · Ketapang · Kuala Tebas ·Kumai · Liang Bunyu · Lim Hie Djung · Parit Sarim · Penajam · Pinang Luar ·Rasau Jaya · Sampit · Sebawang · Sebuku ·Sei Jepun · Sei Menggaris · Sei Pancang · Sekura · Siantan · Sintete · Stagen · Sungai Mayam · Sungai Nipah · Sungai Sumpit · Tanjung Harapan · Tanjung Mangkuk · Tanjung Serdang · Tarjun · Tebas Seberang · Teluk Batang · Teluk Gosong · Teluk Kalong · Teluk Pakedai