Pereira speelde in totaal 27 interlands voor zijn vaderland Uruguay, en scoorde één keer voor de Celeste. Onder leiding van bondscoach Roberto Fleitas maakte hij zijn debuut voor de nationale ploeg op 7 augustus1988 in de vriendschappelijke uitwedstrijd tegen Colombia (2-1), evenals Nelson Cabrera, José Oscar Herrera en Héctor Morán. Pereira nam met zijn vaderland één keer deel aan de strijd om de Copa América (1989), en was lid van de selectie die deelnam aan het WK voetbal 1990.
Danubio
Boca Juniors