Boenisch stroomde in 2006 door vanuit de jeugd van Schalke 04, waar hij in februari van dat jaar debuteerde in het eerste elftal. Hij speelde er in drie seizoenen negen competitiewedstrijden in de hoofdmacht, waarna hij in augustus 2007 een vierjarig contract tekende bij Werder Bremen.[1]. Boenisch kwam hier meer aan spelen toe, maar belandde na verloop van tijd ook in Bremen op het tweede plan. Nadat zijn contract er in juli 2012 afliep, zat hij vijf maanden zonder club. Bayer Leverkusen lijfde hem op 4 november 2012 vervolgens transfervrij in.