Valkerov motiv
Valkerov A i Valkerov B motivi su proteinske sekvence. Njih je zapazio Valker u proteinima koji vezuju ATP 1982. godine.[1]
Valkerov A motiv, takođe poznat kao Valkerova petlja ili P-petlja (fosfat-vezujuća petlja), je proteinski motiv sa obrascem GXXXXGK(T/S), gde G, K, T i S označavaju glicin, lizin, treonin i serin, a X označava bilo koji aminokiselinu. On je ATP ili GTP vezujući motiv prisutan u mnogim proteinima koji vezuju nukleotide. Lizinski (K) ostatak Valkerovog A motiva ima presudni značaj za vezivanje nukleotida.[2] To je petlja bogata glicinom kojoj prethodi beta ravni i kojoj sledi alfa heliks. Ona formira interakcije sa fosfatnom grupom nukleotida i sa jonom magnezijuma, koji koordinaciono vezuju β- i γ-fosfate.
Valkerov A motiv je najbolje poznat po njegovom prisustvu u proteinima koji vezuju nukleotide, ali je isto tako prisutan i u mnoštvu proteina sa raznovrsnim funkcijama, kao što su alfa i beta podjedinica ATP sintaze, miozin, transducin, helikaze, kinaze i RecA.[3][4][5]
Valkerov B motiv je strukturni motiv proteina sa obrascem (R/K)XXXXGXXXXLhhhhD, gde R, K, G, L i D označavaju ostatke arginina, lizina, glicina, leucina, i aspartičke kiseline, X predstvalja bilo koju od 20 standardnih aminokiselina, a h označava hidrofobnu aminokiselinu.[1] Prema nekim skorijim nalazima konsenzus sekvenca ovog motiva je hhhhDE, gde E označava glutamatni ostatak.[2] Aspartat i glutamat takođe formiraju deo DEAD/DEAH motiva nađenog u helikazama. Aspartatni ostatak se koordinira sa jonom magnezijuma, a glutamat je esencijalan za ATP hidrolizu.[2]
Sekvence ovog motiva je veoma promenljiva, tako da su jedina nepromenljiva svojstva negativno naelektrisani ostaci nakon niza glomaznih, hidrofobnih aminokiselina.[6]
- ↑ 1,0 1,1 Walker JE, Saraste M, Runswick MJ, Gay NJ (1982). „Distantly related sequences in the alpha- and beta-subunits of ATP synthase, myosin, kinases and other ATP-requiring enzymes and a common nucleotide binding fold”. EMBO J. 1 (8): 945–51. PMC 553140. PMID 6329717.
- ↑ 2,0 2,1 2,2 Hanson PI, Whiteheart SW (2005). „AAA+ proteins: have engine, will work”. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 6 (7): 519–29. DOI:10.1038/nrm1684. PMID 16072036.
- ↑ Stryer, Lubert; Berg, Jeremy Mark; Tymoczko, John L. (2002). Biochemistry. San Francisco: W.H. Freeman. ISBN 0-7167-4684-0.
- ↑ Ramakrishnan, C; Dani, VS; Ramasarma, T (2002). „A conformational analysis of Walker motif A [GXXXXGKT (S)] in nucleotide-binding and other proteins”. Protein Engineering 15 (10): 783–798. DOI:10.1093/protein/15.10.783. PMID 12468712.
- ↑ Saraste M, Sibbald PR, Wittinghofer A (1990). „The P-loop--a common motif in ATP- and GTP-binding proteins”. Trends Biochem. Sci. 15 (11): 430–4. PMID 2126155.
- ↑ Koonin EV (1993). „A common set of conserved motifs in a vast variety of putative nucleic acid-dependent ATPases including MCM proteins involved in the initiation of eukaryotic DNA replication”. Nucleic Acids Res. 21 (11): 2541–7. DOI:10.1093/nar/21.11.2541. PMC 309579. PMID 8332451.