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Elle débute la course à pied à 15 ans, avec déjà une préférence pour le cross. Ce n'est qu'en 2014 que son compagnon l'initie aux compétitions en montagne. Elle se spécialise ensuite en skyrunning[3].
En 2016 Virginia Pérez participe à quatre courses de kilomètre vertical et termine toujours parmi les 5 premières[4]. Elle remporte ainsi le circuit national de kilomètre vertical[4]. En 2017 elle participe à neuf kilomètres verticaux dont cinq courses du Vertical Kilometer World Circuit. Avec cinq podiums au cours de la saison, Virginia termine 6e[5] du circuit mondial et remporte le circuit d'Espagne de courses verticales[4].
Le , elle est annoncée comme favorite aux championnats d'Espagne de kilomètre vertical courus dans le cadre du kilomètre vertical de Mágina. Assumant son rôle, elle s'impose aisément en 41 min 15 s, établissant un nouveau record du parcours et remportant son premier titre national de la discipline[6].
Le , elle participe à l'édition inaugurale des championnats du monde de SkySnow à Sierra Nevada sur l'épreuve de course classique. Menée dans un premier temps par la Suédoise Sanna El Kott, elle parvient à doubler cette dernière pour s'emparer de la tête, suivie de près par la Portugaise Joana Soares. Les deux femmes se lancent dans une lutte serrée pour la victoire, mais Virginia parvient à faire la différence et s'impose pour 50 secondes d'avance le lendemain de son 35e anniversaire pour remporter le titre mondial[7].