Der in Wolkenstein aufgewachsene Perathoner erzielte 1988 seinen ersten Podestplatz im Skiweltcup überraschend in der Abfahrt von Leukerbad, als er den 3. Platz belegte. Danach folgten viele Verletzungen, so dass er erst im Winter 1992/93 wieder Anschluss im Weltcup fand. Ende der Saison belegte er in den Abfahrten von Lillehammer in 24 Stunden zwei 2. Plätze. Diese Resultate egalisierte Perathoner im Super-G von Lech im Dezember 1993.
Im Super-G von Lillehammer im März 1995 gewann er sein erstes Weltcuprennen, diesen Sieg bestätigte er in der folgenden Saison im Super-G von Garmisch-Partenkirchen. Seinen letzten Podestplatz erreichte er im März 1998 auf seiner "Lieblingsstrecke" in Lillehammer. Dort erreichte er in der Abfahrt nochmals einen 2. Platz.