ZBTB1

ZBTB1
Identifikatori
Aliasi	ZBTB1
Vanjski ID-jevi	OMIM: 616578 MGI: 2442326 HomoloGene: 8974 GeneCards: ZBTB1
Lokacija gena (čovjek)
Hrom.	Hromosom 14 (čovjek)
Kraj	64,533,690 bp
Lokacija gena (miš)
Hrom.	Hromosom 12 (miš)
Kraj	76,443,724 bp
Ontologija gena
Molekularna funkcija	• vezivanje sa DNK; • protein homodimerization activity; • vezivanje iona metala; • K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding; • GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine; • protein heterodimerization activity; • nucleic acid binding; • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific;
Ćelijska komponenta	• nuclear body; • nukleoplazma; • jedro; • Jedarna membrana;
Biološki proces	• positive regulation of T cell differentiation; • chromatin remodeling; • Ćelijska diferencijacija; • positive regulation of pro-T cell differentiation; • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated; • positive regulation of natural killer cell differentiation; • T cell differentiation in thymus; • thymus development; • immune system process; • cellular response to UV; • mRNA transcription by RNA polymerase II; • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II; • transcription, DNA-templated; • positive regulation of T cell mediated immunity; • translesion synthesis; • B cell differentiation; • Urođeni imunski sistem; • protein homooligomerization; • GO:0100026 Popravka DNK; • cellular response to DNA damage stimulus;
	Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
	22890
	268564
	ENSG00000126804
	ENSMUSG00000033454
	Q9Y2K1
	Q91VL9
	NM_001123329; NM_014950
	NM_178744; NM_001364323
	NP_001116801; NP_055765
	NP_848859; NP_001351252
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek	Pogledaj/uredi – miš

Cinkoprstni i BTB domen sadržavajući protein 1 koji je protein koji je kod ljudi kodiran genom ZBTB1.^[5]

ZBTB1 je neophodan za razvoj limfocita u miševa: T-ćelije su odsutne kod miševa mutanata ZBTB1, a broj B-ćelija i prirodnih ćelija ubica je smanjen.^[6]^[7]

Analizom genomske sekvence, Liu et al. (2011) locirali li su gen ZBTB1 na hromosomu 14, sekvenca 14q23.3. Utvrdili su da gen ZBTB1 sadrži dva egzona i da obuhvata približno 20,4 kb.^[8] Punwani i dr. (2012) objavili su da se mišji Zbtb1 nalazi na hromosomu 12C3.^[9]

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 713 aminokiselina, a molekulska težina 82.016 Da.^[10]

10	20	30	40	50
MAKPSHSSYV	LQQLNNQREW	GFLCDCCIAI	DDIYFQAHKA	VLAACSSYFR
MFFMNHQHST	AQLNLSNMKI	SAECFDLILQ	FMYLGKIMTA	PSSFEQFKVA
MNYLQLYNVP	DCLEDIQDAD	CSSSKCSSSA	SSKQNSKMIF	GVRMYEDTVA
RNGNEANRWC	AEPSSTVNTP	HNREADEESL	QLGNFPEPLF	DVCKKSSVSK
LSTPKERVSR	RFGRSFTCDS	CGFGFSCEKL	LDEHVLTCTN	RHLYQNTRSY
HRIVDIRDGK	DSNIKAEFGE	KDSSKTFSAQ	TDKYRGDTSQ	AADDSASTTG
SRKSSTVESE	IASEEKSRAA	ERKRIIIKME	PEDIPTDELK	DFNIIKVTDK
DCNESTDNDE	LEDEPEEPFY	RYYVEEDVSI	KKSGRKTLKP	RMSVSADERG
GLENMRPPNN	SSPVQEDAEN	ASCELCGLTI	TEEDLSSHYL	AKHIENICAC
GKCGQILVKG	RQLQEHAQRC	GEPQDLTMNG	LGNTEEKMDL	EENPDEQSEI
RDMFVEMLDD	FRDNHYQINS	IQKKQLFKHS	ACPFRCPNCG	QRFETENLVV
EHMSSCLDQD	MFKSAIMEEN	ERDHRRKHFC	NLCGKGFYQR	CHLREHYTVH
TKEKQFVCQT	CGKQFLRERQ	LRLHNDMHKG	MARYVCSICD	QGNFRKHDHV
RHMISHLSAG	ETICQVCFQI	FPNNEQLEQH	MDVHLYTCGI	CGAKFNLRKD
MRSHYNAKHL	KRT

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Kloniranje i ekspresija

ZBTB1 je transkripcijski potiskivač iz porodice cinkovih prstiju BTB/POZ cinkovih prstiju (Liu et al., 2011). Uključen je u popravljanje DNK i gornji je regulator translezijske sinteze DNK (Kim i sur., 2014).^[11]

RT-PCR-om pomoću ćelija raka pluća H460, Liu et al. (2011) klonirali su ZBTB1. Predviđeni protein od 713 aminokiselina sadrži N-terminalni BTB/POZ domen, nakon čega slijedi serija od 8+osam motiva C2H2 cinkovih prstiju, koji se protežu do C-kraja. Analiza baze podataka sugerira da se ZBTB1 uglavnom eksprimira u ljudskim plućima, posteljici, maternici, mozgu, očima, gušterači i B-ćelijama zametnog centra. Konfokusna mikroskopija transficiranih HeLa ćelija pokazala je jedarnu lokalizaciju ZBTB1 koja je ovisila o prisutnosti motiva cinkovih prstiju.

Kim et al. (2014) utvrdili su da je treći domen cinkovog prsta ZBTB1 evolucijski konzervirani domen cinka-4 (UBZ4) koji veže ubikvitin. Koristeći eksperimente s transfekcijom, Liu et al. (2011) pokazali su da je ZBTB1 transkripcijski represor. Prekomjerna ekspresija ZBTB1 inhibirala je aktivnosti transkripcije posredovane kroz cAMP elemente odgovora (CRE). Eksperimenti skraćivanja sugeriraju da represija transkripcije pomoću ZBTB1 zahtijeva i BTB domen i motive cinkovih prstiju.

Bioinformatičkom analizom Kim et al. (2014) otkrili su da je UBZ4 domen ZBTB1 poremećen kod nekih karcinoma, što sugerira da ZBTB1 može učestvovati u putevima popravljanja DNK. Osiromašenje ZBTB1 u HeLa ćelijama smanjilo je monoubikvitaciju PCNA (176740). Nokautiranje ZBTB1 također je rezultiralo smanjenim sklopom polimeraze za sintezu translezijske DNK POLH. Analiza mutacije pokazala je da je UBZ4 domen ZBTB1 potreban za PCNA monoubikvitinaciju i za lokalizaciju ZBTB1 u DNK lezija. Ćelije kojima nedostaje ZBTB1 nisu mogle popraviti oštećenje ultraljubičastom svjetlošću (UV-zrake). Analiza imunoprecipitacije pokazala je da se ZBTB1 veže za komplekse hromatina koji sadrže KAP1 (TRIM28). ZBTB1 je povećao afinitet fosforiliranog KAP1 za UV-oštećena mjesta, promovirajući time preoblikovanje hromatina i regrutiranje RAD18. Kim et al. (2014) zaključili su da je ZBTB1 uključen u orkestriranje preoblikovanja hromatina tokom popravljanja DNK.

Životinjski model

Punwani et al. (2012) serendipitno su identificirali transgene miševe čiji su mužjaci bili neplodni i bez T-limfocita. Nedostatak se mogao ispraviti transplantacijom hemopoetskih ćelija miševa divljeg tipa. Defekt je identificiran kao delecija koja uključuje pet susjednih gena na hromosomu 12C3 koji se mogu prevladati ekspresijom 1 deletiranog gena, Zbtb1. Prekid Zbtb1 kod miševa divljeg tipa stvorio je fenotip transgenih mišeZbtb1 –/– miševi gotovo nisu imali T-ćelije, reducirane prirodne ćelije ubice i normalne B-ćelije. Zbtb1 +/– heterozigoti su bili normalni. Zbtb1 –/– miševi su imali samo vestigijalni timus i limfne čvorove, a njihova slezena bila je upola manja od kontrola s leglom. Nekoliko T ćelija prisutnih u Zbtb1 –/–miševa nije bilo sposobno za proliferaciju ili citotoksičnu funkciju. Citometrijska analiza protočnih citometrijskih stanica Zbtb1 –/– timusa pokazala je da progenitori T-ćelija nisu mogli napredovati izvan dvostruko negativne faze.

Reference

^ ^a ^b ^c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000126804 - Ensembl, maj 2017
^ ^a ^b ^c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000033454 - Ensembl, maj 2017
^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Entrez Gene: Zinc finger and BTB domain containing 1".
^ Siggs OM, Li X, Xia Y, Beutler B (januar 2012). "ZBTB1 is a determinant of lymphoid development". The Journal of Experimental Medicine. 209 (1): 19–27. doi:10.1084/jem.20112084. PMC 3260866. PMID 22201126.
^ Punwani D, Simon K, Choi Y, Dutra A, Gonzalez-Espinosa D, Pak E, Naradikian M, Song CH, Zhang J, Bodine DM, Puck JM (august 2012). "Transcription factor zinc finger and BTB domain 1 is essential for lymphocyte development". Journal of Immunology. 189 (3): 1253–64. doi:10.4049/jimmunol.1200623. PMC 3401355. PMID 22753936.
^ Liu, Q., Yao, F., Wang, M., Zhou, B., Cheng, H., Wang, W., Jin, L., Lin, Q., Wang, J.-C. Novel human BTB/POZ domain-containing zinc finger protein ZBTB1 inhibits transcriptional activities of CRE. Molec. Cell. Biochem. 357: 405-414, 2011. PubMed: 21706167
^ Punwani, D., Simon, K., Choi, Y., Dutra, A., Gonzalez-Espinosa, D., Pak, E., Naradikian, M., Song, C.-H., Zhang, J., Bodine, D. M., Puck, J. M. Transcription factor zinc finger and BTB domain 1 is essential for lymphocyte development. J. Immun. 189: 1253-1264, 2012. PubMed: 22753936
^ "UniProt, Q9Y2K1". Pristupljeno 28. 7. 2021.
^ Kim, H., Dejsuphong, D., Adelmant, G., Ceccaldi, R., Yang, K., Marto, J. A., D'Andrea, A. D. Transcriptional repressor ZBTB1 promotes chromatin remodeling and translesion DNA synthesis. Molec. Cell 54: 107-118, 2014. PubMed: 24657165

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000126804 - Ensembl, maj 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000033454 - Ensembl, maj 2017

[3] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[4] "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[entrez-5] "Entrez Gene: Zinc finger and BTB domain containing 1".

[pmid22201126-6] Siggs OM, Li X, Xia Y, Beutler B (januar 2012). "ZBTB1 is a determinant of lymphoid development". The Journal of Experimental Medicine. 209 (1): 19–27. doi:10.1084/jem.20112084. PMC 3260866. PMID 22201126.

[pmid22753936-7] Punwani D, Simon K, Choi Y, Dutra A, Gonzalez-Espinosa D, Pak E, Naradikian M, Song CH, Zhang J, Bodine DM, Puck JM (august 2012). "Transcription factor zinc finger and BTB domain 1 is essential for lymphocyte development". Journal of Immunology. 189 (3): 1253–64. doi:10.4049/jimmunol.1200623. PMC 3401355. PMID 22753936.

[8] Liu, Q., Yao, F., Wang, M., Zhou, B., Cheng, H., Wang, W., Jin, L., Lin, Q., Wang, J.-C. Novel human BTB/POZ domain-containing zinc finger protein ZBTB1 inhibits transcriptional activities of CRE. Molec. Cell. Biochem. 357: 405-414, 2011. PubMed: 21706167

[9] Punwani, D., Simon, K., Choi, Y., Dutra, A., Gonzalez-Espinosa, D., Pak, E., Naradikian, M., Song, C.-H., Zhang, J., Bodine, D. M., Puck, J. M. Transcription factor zinc finger and BTB domain 1 is essential for lymphocyte development. J. Immun. 189: 1253-1264, 2012. PubMed: 22753936

[UniProt-10] "UniProt, Q9Y2K1". Pristupljeno 28. 7. 2021.

[11] Kim, H., Dejsuphong, D., Adelmant, G., Ceccaldi, R., Yang, K., Marto, J. A., D'Andrea, A. D. Transcriptional repressor ZBTB1 promotes chromatin remodeling and translesion DNA synthesis. Molec. Cell 54: 107-118, 2014. PubMed: 24657165

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]