Het seizoen 2003/04 van de zaterdag Hoofdklasse B ging van start op 30 augustus 2003. De laatste speelronde was op 1 mei 2004. De zaterdag Hoofdklasse B is een van de zes hoogste voetbalcompetities in Nederland uitgeoefend door amateurs. De titelhouder van het vorige seizoen (2002/03) was SV Huizen.
Dit seizoen waren door het wegvallen van Zwart-Wit '28 maar 2 periodekampioenschappen. De beste club op de ranglijst zonder periodetitel kreeg ten behoeve van de derde periode een plek in de KNVB-Beker voor profs.
1 Winnaar eerste periodetitel
2 Winnaar tweede periodetitel * Beste club op ranglijst zonder periodetitel ** Plaatsvervangende periodekampioen
*** Zwart-Wit '28 trok zich begin februari 2004 zich terug, alle gespeelde wedstrijden werden als niet gespeeld verklaard.