Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
HMGB3
Ідентифікатори
Символи
HMGB3 , HMG-2a, HMG-4, HMG2A, HMG4, high mobility group box 3
Зовнішні ІД
OMIM : 300193 HomoloGene: 84734 GeneCards: HMGB3
Пов'язані генетичні захворювання
X-linked colobomatous microphthalmia-microcephaly-intellectual disability-short stature syndrome [ 1]
Онтологія гена
Молекулярна функція
• DNA binding • double-stranded DNA binding • DNA binding, bending • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • four-way junction DNA binding • RNA binding • transcription factor binding
Клітинна компонента
• цитоплазма • клітинне ядро • хромосома
Біологічний процес
• multicellular organism development • процес імунної системи • DNA recombination • вроджений імунітет • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • transcription, DNA-templated • DNA geometric change • negative regulation of B cell differentiation • negative regulation of myeloid cell differentiation • ремоделювання хроматину • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • positive regulation of innate immune response • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II
Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види
Людина
Миша
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (мРНК)
RefSeq (білок)
Локус (UCSC)
Хр. X: 150.98 – 150.99 Mb
н/д
PubMed search
[ 2]
[ 3] Вікідані
HMGB3 (англ. High mobility group box 3 ) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на X-хромосомі.[ 4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 200 амінокислот , а молекулярна маса — 22 980[ 5] .
Послідовність амінокислот
10 20 30 40 50
MAKGDPKKPK GKMSAYAFFV QTCREEHKKK NPEVPVNFAE FSKKCSERWK
TMSGKEKSKF DEMAKADKVR YDREMKDYGP AKGGKKKKDP NAPKRPPSGF
FLFCSEFRPK IKSTNPGISI GDVAKKLGEM WNNLNDSEKQ PYITKAAKLK
EKYEKDVADY KSKGKFDGAK GPAKVARKKV EEEDEEEEEE EEEEEEEEDE
Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів .
Задіяний у таких біологічних процесах, як імунітет , вроджений імунітет , транскрипція , регуляція транскрипції , ацетилювання .
Білок має сайт для зв'язування з ДНК .
Локалізований у цитоплазмі , ядрі , хромосомах .
Wilke K., Wiemann S., Gaul R., Gong W., Poustka A. (1997). Isolation of human and mouse HMG2a cDNAs: evidence for an HMG2a-specific 3' untranslated region. Gene . 198 : 269—274. PMID 9370291 DOI :10.1016/S0378-1119(97)00324-7
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res . 14 : 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI :10.1101/gr.2596504
Antoine D.J., Harris H.E., Andersson U., Tracey K.J., Bianchi M.E. (2014). A systematic nomenclature for the redox states of high mobility group box (HMGB) proteins . Mol. Med . 20 : 135—137. PMID 24531895 DOI :10.2119/molmed.2014.00022
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)(1.4) NF-1 (1.5) RF-X (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1) Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4 )
підродина 1 підродина 2 підродина 3 підродина 4 підродина 5 підродина 6 підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 (2.3) Cys2 His2 з доменом цинкових пальців(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер(2.5) Цинкові пальці іншого складу (2.6) WRKY
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс (3.2) Парний бокс (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль(3.4) Фактори теплового шоку(3.5) Триптофановий кластер (3.6) Домен транскрипційний енхансер
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR(4.2) STAT(4.3) p53 (4.4) MADS(4.6) TATA(4.7) Високомобільна група (4.9) Grainyhead (4.10) Домен холодового шоку (4.11) Runt
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y) (0.3) Pocket домен (0.5) AP2/EREBP-подібні(0.6) Інші